무오사화는 성종실록을 편찬하는 과정에서 제출된 김일손(金馹孫)의 사초와 그 사초에 포함된 김종직(金宗直)의 조의제문의 내용을 문제 삼아 사초 작성에 관련된 인사, 그들과 교유하였던 김종직 문인, 그리고 그들을 비호하였던 대간(臺諫)의 관원들을 처벌하기 위해 연산군(燕山君)이 일으킨 사건이었다. 연산군은 성종실록 편찬을 위해 제출한 사초에 세조대의 일을 적은 것은 세조[조선](世祖)에 대한 반역이라는 입장에 서서 관련자들을 처벌하였다.

전통적으로 무오사화는 유자광(柳子光), 이극돈(李克墩)이 김종직, 김일손에 대한 개인적인 원한이 일으킨 사건이라고 해석되었다. 그들은 개인적인 원한을 갚기 위해 연산군을 부추겨 사초 사건을 일으켰다는 것이다.

김일손은 체포되던 당시 이미 자신이 실록 때문에 체포되는 것임을 짐작했다. 그는 사초에 이극돈이 불경을 잘 외워 벼슬을 얻었고 국상 중에 관기를 가까이했다는 사실을 기록했는데, 그것을 지워달라는 이극돈의 부탁을 거절한 것 때문에 옥사가 일어난 것이라고 생각했다.

일찍이 유자광은 함양(咸陽)을 방문했다가 지은 시를 현판에 새겨 걸어놓게 한 적이 있었는데, 함양의 수령으로 부임한 김종직이 그것을 철거하게 한 적이 있었다. 유자광은 이를 매우 분하게 여겼는데 당시는 김종직이 성종[조선](成宗)의 총애를 받고 있었기 때문에 내색하지 않고 가까이 지내다가 이 때에 와서 과거의 원한을 갚기 위해 사건을 일으켰다는 것이다.

하지만 이러한 해석은 오늘날 그다지 중시되지 않고 있다. 대신 정치 세력이라는 관점에서 성종 때 사림과 훈구 세력의 대립이 연산군대에 들어와서 격화되어 일어난 사건이라고 해석하거나, 정치 제도적 측면에서 성종 때 삼사(三司)가 언론 기관으로 확립되면서 비대해진 권한이 연산군 대에 들어와 국왕과 대신에 의해 견제를 받은 사건으로 해석되고 있다.

훈구세력에 의해 추대되어 왕위에 오른 성종은 수렴청정 기간을 거쳐 친정에 임하면서 사림파를 등용하여 훈구 세력을 견제하였다. 성종 때의 사림 세력은 언론 삼사에 주로 근무하면서 훈구 대신들과 대립하였다. 언론 기관을 통해 세력을 구축한 사림 세력은 훈구 세력뿐만 아니라 왕권에 대해서도 일정한 견제 기능을 수행하였고, 이는 국왕과 훈구 대신들의 불만과 견제를 불러올 수 있는 일이었다. 성종에 이어 즉위한 연산군은 사림 세력의 언론 활동을 자신들의 책임과 권한을 넘어서서 임금을 능멸하는 것으로 규정하며 그것을 억누르려 하였다.

사림 세력은 당대의 정치적 사안에 대해서 훈구 세력과 다른 목소리를 내는 데 그치지 않고, 세조대의 정치적 사건에 대한 해석과 의미 부여에 있어서도 훈구 세력과는 다른 견해를 가지고 있었다. 그들은 세조 때의 정난과 반역 사건의 처리에 있어 국왕의 처사가 지나쳤으며, 사육신(死六臣)과 같은 이들을 반역자가 아닌 충신으로 인정할 수 있다고 생각하였다. 하지만 이러한 견해는 세조의 후손으로서 왕위를 이은 국왕이나 세조 때의 공신이 주축이 된 훈구 세력에게는 용납될 수 없는 주장이었으며 대역죄로 처벌해야 마땅한 일이었다. 무오사화는 이처럼 사초의 내용에 포함된 과거 사건에 대한 해석을 빌미로 현재의 정치적 대립 구도가 파열을 일으킨 사건이었다고 해석되고 있다.

무오사화의 전개는 크게 두 단계로 진행되었다. 첫 단계는 김일손의 사초가 문제가 되어 그 내용이 논란을 일으킨 단계이며, 두 번째 단계는 김일손의 사초를 논란하던 중에 그 속에서 김종직의 조의제문이 발견되고, 그것이 세조를 비난하는 반역으로 규정되면서 파장을 일으킨 사건이다. 이 두 문제가 무오사화의 논란을 이끌어간 주요 쟁점이다.

연산군 원년 『성종실록』 편찬을 위해 실록청(實錄廳)이 꾸려지자 사관으로 임명받았던 신하들은 자신들이 작성한 사초를 제출하게 되었는데, 김일손의 사초는 곧 많은 사람들의 관심을 끌게 되었다. 왜냐하면 김일손은 성종실록의 사초를 적으면서 당시 사람들에게 들은 세조 때의 일을 많이 포함시켰기 때문이다.

김일손은 사관이 전하여 들은 일도 기록하게 되어 있기 때문에 세조 때 일을 적었다고 주장하였다. 그러면서 선대 임금의 잘못에 대해서는 사관이 적을 수 있다고 주장하였다. 그는 춘추(春秋)와 같은 역사서에서 전대의 사건을 꺼리지 않고 기술하였으며, 자신은 세조를 직접 섬기지 않았으므로 역사적 입장에서 과거를 서술할 수 있다는 논리를 피력하였다.

김일손의 이러한 주장은 당시 많은 관료들에게서 호응을 얻었던 것으로 보인다. 이러한 사실은 사건이 벌어진 이후 김일손의 집에서 나온 이목(李穆)과 권오복(權五福)의 편지 내용에 드러나는데, 당시 실록청 낭청이던 이목은 김일손의 사초를 실록에 실어야 한다는 입장이었고, 같은 동료였던 성중엄(成重淹)도 그 주장을 반박하지 않았다.

하지만 실록청의 당상들은 김일손의 사초에 대해 다른 생각을 가지고 있었다. 이극돈은 김일손을 미워하여 무오사화를 일으킨 원흉으로 알려져 있지만, 사건이 일어났을 당시 사국의 책임자로서 피의자 내지는 관련자의 입장에 있었다.

당시 실록청 당상이었던 이극돈을 중심으로 이루어진 훈구 대신들의 논의 과정에 따르면, 그들은 먼저 김일손의 사초는 사실이 아니며, 다음으로 그런 사초를 쓴 사실은 그냥 넘어갈 수 있는 일이 아니니 임금에게 보고해서 처치해야 한다는 입장을 가지고 있었다.

하지만 김일손의 사초에 대해 임금에게 보고한 것은 이극돈이 아니었다. 연산군일기의 기록에 따르면 김일손의 사초에 대해 임금에게 보고할 때 참가한 이는 파평부원군 윤필상(尹弼商), 선성부원군 노사신(盧思愼), 우의정 한치형(韓致亨), 무령군 유자광이었다. 그리고 이 보고를 주도한 이는 유자광이었던 것으로 보인다.

윤필상, 노사신, 한치형, 유자광은 임금에게 비밀 보고를 하였다. 이것은 김일손의 사초 내용에 대한 보고였다. 이때 도승지 신수근(愼守勤)만이 참여하였을 뿐 사관도 이 보고를 듣지 못하도록 하였다. 연산군은 이 보고를 듣고 나서 의금부(義禁府)에 명을 내려 경상도로 관원을 파송했는데, 이것은 당시 병으로 고향 청도(淸道)에 머무르고 있던 김일손을 체포하기 위한 것이었다.

아마 한치형, 노사신 등은 김일손 사초의 문제를 알고 있었지만, 사국의 일인 이상 실록청에서 계통을 밟아 임금에게 보고하기를 기다리고 있었다고 보아야 할 것 같다. 하지만 유자광이 알게 되자 그는 대신들을 설득하여 즉각적인 행동에 나섰다.

연산군은 김일손의 사초를 자신의 처소로 가져오라는 명령을 내렸다. 하지만 실록청에서는 임금이 사초를 보지 못한다는 원칙을 제기하였다. 하지만 연산군이 사초를 직접 보겠다고 고집하자 실록청 당상들은 김일손의 사초 가운데 자신들이 문제가 된다고 생각하는 부분을 따로 절취하여 올리는 것으로 타협안을 제시하였다. 그에 따라 임금이 사초를 직접 볼 수 없다는 원칙을 고수하면서도 임금 자신이 보고자 하는 사초의 내용을 열람할 수 있도록 하였다.

연산군 4년 7월 12일 김일손이 잡혀오자 그와 관련된 이들이 줄줄이 체포되어 국문을 받게 되었다.

심문은 연산군의 친국(親鞫)으로 진행되었다. 심문은 사초 가운데 궁중 내부의 후궁들에 대한 소문을 사초에 적은 연유에 대해 묻는 것으로 시작되었다. 김일손은 그러한 소문을 허반(許磐)에게서 들었다고 하였기 때문에 허반 또한 심문장에 불려 와서 심문을 받았고 김일손과 대질하기도 하였다. 이 날 이후 사초의 작성자와 작성자에게 그 내용을 알려준 정보 제공자에 대한 심문이 집중적으로 진행되었다.

김일손의 사초 작성 과정에서 그 내용의 출처가 된 사람들을 중심으로 진행되던 국문은, 그러나 7월 15일 조의제문이 세조의 찬탈을 비난한 작품이라는 주장이 등장하자 새로운 단계에 접어들게 된다. 이 단계에서 김종직에 대해 비교적 가벼운 처벌을 내려야 한다고 주장했던 대간들이 죄인을 비호한다는 죄명으로 처벌되었다. 사초의 내용을 문제 삼아 일으킨 무오사화가 대간들에게로 확산되게 된 것이다.

연산군은 전교를 내려 조의제문의 내용과 그것이 어떤 의미를 내포하고 있는지 해석하였고, 이에 대한 신하들의 의견을 물었다. 그러자 대부분의 신하들은 김종직의 죄가 반역을 한 무리들과 다를 바 없다면서 극형에 처해야 마땅하다고 아뢰었다. 하지만 이유청(李惟淸)을 비롯한 사간원(司諫院)의 관리 일부는 김종직이 이미 죽었으니 작호를 추탈하고 자손을 폐고(廢錮)하는 데서 그치자는 의견을 내었다. 그러자 연산군은 이들이 죄인을 비호한다고 하여 형장을 가하고 국문하게 하였다.

한편 김종직의 조의제문이 성종에 대한 ‘반역’의 의미를 담고 있다고 해석되고, 그 제자인 김일손이 그것을 ‘충분(忠憤)’의 표현이라고 사초에 적었기 때문에 조사 대상은 김종직의 제자들 전반으로도 확대되었다. 이 과정에서 노사신은 사건이 김종직의 제자들에게로 확대되는 것을 당고(黨錮)에 비유하며 막으려 했지만 임금이나 다른 대신들의 생각은 달랐다.

김종직의 제자가 누구인가 하는 점은 이미 김일손의 공초 내용에서 밝혀졌다. 김일손은 김종직에게 수업을 받은 사람, 과거 응시자와 고시관으로 관계를 맺은 사람, 같은 관청에서 근무했던 사람들을 김종직의 제자로서 거명하였다.

김종직의 제자들로 조사 대상이 확대되자, 김종직의 다른 제자들에게서도 문제가 될 만한 사초가 속속 발견되었다. 권경유(權景裕)의 사초에서 ‘김종직이 일찍이 조의제문을 지었는데, 충의가 분발하여 보는 사람이 눈물을 흘렸다.’ 하는 표현이 나왔다. 홍한(洪瀚)의 사초에는, ‘세조께서 화가(化家)를 꾀하고자 하여 몰래 무사와 결탁했다.’ 하는 말이 나왔고, 신종호(申從濩)의 사초에는 ‘노산(魯山)의 난에 정창손(鄭昌孫)이 맨 먼저 계창하여 벨 것을 청했으니, 노산이 비록 세조에게 죄를 지었다 할지라도 창손이 몸소 섬기었는데, 차마 제창하여 베자고 할 수 있겠는가.’ 하였고, 표연말(表沿沫)의 사초에는 ‘소릉(昭陵)을 헌 일들은 문종에게 저버림이 많았다.’ 하는 말이 들어가 있었다. 특히 권오복의 사초에서 문제가 되는 구절이 발견되었다.

권오복은 사초에 ‘김종직이 일찍이 조의제문을 지었는데, 간곡하고 측은하고 침착하고 비통하여 남이 말 못하던 데를 말하였으므로 사림 사이에서 전해 외었다. 식자들은 말하기를 ‘황제의 복장이 구장(九章)이라 하였는데, 지금 칠장(七章)이라 이른 것은 무슨 까닭이냐? 이는 반드시 뜻이 있어 지은 것이니, 세상의 교화에 관계됨이 크므로 썩지 않게 남겨 둘 만하다.’ 라고 기록하였고, 또 청구풍아(靑丘風雅)를 편찬하면서 인물 성씨 아래에 주석하기를, ‘성삼문(成三問)은 이개(李塏) 등과 더불어 단종[조선](端宗)을 복위시킬 것을 꾀했다.’ 라고 하였으며, 또 이르기를, ‘권람(權擥)은 세조를 추대했다 하였으니, 직필이 늠름하여 듣는 자로 하여금 공경하는 마음을 일으키게 한다.’ 하였다.

김일손의 사초에서 시작하여 김종직의 조의제문으로 확대되어 나간 사화는 사건이 일어난 지 거의 한 달이 되어가던 7월 26일 무렵부터 심문을 마무리하고 연루자에 대한 처벌을 논의하였다.

〈조의제문〉을 지은 김종직과 그것을 읽고 그 사실과 의미를 사초에 옮긴 김일손, 권오복, 권경유가 대역죄로 논단되었고, 궁금(宮禁)의 일을 비롯한 세조조의 사건을 말로 옮기거나 사초에 기록한 이목, 허반, 강겸(姜謙), 표연말, 정여창(鄭汝昌), 홍한, 무풍부정(茂豊副正) 이총(李摠)은 난언으로 논단되었다. 그리고 강경서(姜景敍), 이수공(李守恭), 정희량(鄭希良), 정승조(鄭承祖)는 난언을 알고도 고발하지 않은 죄로 논단되었다. 김종직의 제자인 이종준(李宗準), 최부(崔溥), 이원(李黿), 강백진(康伯珍), 이주(李胄), 김굉필(金宏弼), 박한주(朴漢柱), 임희재(任熙載) 등은 붕당의 죄로 논단되었고, 이유청(李惟淸)·민수복(閔壽福)·류정수(柳廷秀)·조형[전기](趙珩)·손원로(孫元老)·신복의(辛服義)·안팽수(安彭壽)·이창윤(李昌胤)·박권[중기](朴權)은 조의제문을 지은 김종직의 죄를 논할 때, 대간으로서 망녕된 의논을 했다는 죄목을 받았다. 사초를 보고도 즉시 아뢰지 않은 죄를 입어, 어세겸(魚世謙)·이극돈(李克墩)·유순(柳洵)·윤효손(尹孝孫) 등은 파직되었고, 홍귀달(洪貴達)·조익정(趙益貞)·허침(許琛)·안침(安琛) 등은 좌천되었다.

연산군은 무오사화의 연루자들을 처벌한 것을 종묘와 사직에 고한 다음 백관의 하례를 받고 중외에 사면령을 반포하였다. 그리고 사건을 담당한 추관(推官)들과 의금부의 관원들에게 상을 내렸다.

이것으로 김일손의 사초로부터 비롯된 사화는 대체로 마무리가 되었다. 무오사화는 7월 1일 대신들에게서 보고를 받은 이후, 7월 27일 김일손 등의 처벌을 종묘사직에 고하고 사면령을 반포하는 데까지 채 한 달이 걸리지 않았다. 무오사화는 이후의 다른 사화에 비해 사화의 발발에서 마무리까지 짧은 시간 내에 이루어졌다는 점과 그 처벌 대상이 특정 죄목에 한정된다는 점에서 특징을 찾아볼 수 있다.

무오사화의 연루자들은 갑자사화(甲子士禍) 때 처벌이 부가되었다. 이때 처형된 사람은 이주, 무풍정 이총, 강백진, 김굉필, 성중엄, 강겸, 최부, 이원, 임희재 등이며, 허반, 조위, 표연말, 정여창은 부관능지 또는 부관참시의 형을 받았다.

연산군은 갑자사화의 와중에 무오년에 죄를 받아 유배되어 있던 이들을 조사하게 한 뒤, 강백진, 김굉필, 성중엄, 강겸에게 사형을 내리고, 최부와 이원은 원방에 정배하고 노비로 삼도로 하였다. 이들에 앞서 이주, 무풍정 이총에 대해서는 개별적으로 처벌이 이루어졌다.

유배되었던 최부와 이원은 이후 다시 불려와 처형되었다. 이때 임희재에 대한 처형도 결정되었고, 허반, 조위 등 이미 죽은 사람에 대한 처벌도 이루어졌다.

중종반정(中宗反正) 이후 연산군대의 정책들을 무효화하는 과정에서 무오사화 연좌자를 석방하고, 언론으로 중죄를 입은 이들의 후손을 녹용하며, 김종직의 문도로써 중죄를 입은 이들을 추증하는 등의 조치가 취해졌다. 당시 갑자사화 피화인과 같이 무오사화 피화인에 대해서도 사면과 석방 조치가 이루어졌다. 한편, 무오사화를 일으킨 원흉이라고 지목된 유자광, 이극돈에 대한 처벌도 이루어졌다.

중종반정 직후 연산군이 일으켰던 여러 사건으로 피해를 입은 이들을 사면하고 석방하는 조치가 이루어졌고, 이미 죽은 이들에 대해서는 후손을 등용하는 혜택이 베풀어졌다. 무오사화 연루자들에 대해서도 여러 조치가 취해졌는데, 가장 대표적인 것은 중종 원년 10월 7일, 무오년에 죄를 받은 사람과 연좌된 사람들을 갑자사화 피화인의 예에 따라 사면하고 풀어주라는 중종[조선](中宗)의 명령이었다.