대원군은 서원의 폐단을 뿌리 뽑으려고 서원 철폐를 강행하였다. 전국의 서원을 47개만 남기고 사액 서원이든 아니든 가리지 않고 철폐하였다. 이러한 조치에 대해 유림들은 통문, 유회, 집단 상소의 움직임을 되풀이하며 반대하였지만 성과를 거두지 못하였다. 대원군이 물러난 이후의 서원 복설(復設) 요청도 모두 거부되고, 오직 만동묘(萬東廟) 복설만이 허용되었을 뿐이다. 그리하여 유림들은 서원을 대신할 단·서당·정자 등을 세워 제례를 이어 가거나, 재실(齋室)을 세워 문중 서원의 기능을 이어 가려고도 하였으며, 형편이 이에 못 미치면 유허비(遺墟碑)를 세워 서원이 있었음을 기리기도 하였다.
