원장은 서원의 대표자로서, 중국 서원에서 유명 학자가 교육을 담당하던 것에 비교하여 동주(洞主)나 산장(山長)이라 불리기도 하였다. 원장은 유림의 영수라 일컬어지는 명예로운 직책으로서 운영 자문에 응하고 춘추 제향에 대표로 참석하였다. 또한, 서원의 기강을 확립하고 유생들의 행실 규찰(糾察)을 담당하였으나 구체적인 운영에는 간여하지 않았다. 경원장은 새로운 원임 후보자를 낙점하거나 연말에 재정 운영 장부를 확인하는 일, 경제적 협조나 수령과 관계 주선 등의 요청을 받으면 원만히 해결하도록 당부하는 일을 아울러 맡았다.
장의, 유사는 서원 운영의 제반 업무를 담당하였으며, 특히 서원의 재정 운영은 유사의 책임으로 규정된 경우가 많았다. 이들은 서원의 제례와 관련되어 인원 모으기와 제수 준비, 참석 요청 등의 일을 하였고, 새로운 청금(靑衿) 유생을 추천받아 입원록(入院錄)을 작성하였으며, 서원의 재정을 운영하고 재정상 문제가 발생할 때에는 원장, 감사, 수령에게 재정의 어려움을 호소하고 도움을 요청하였다. 또한, 서원 건물을 관리하고 도서를 구입하고 보관하였으며, 유회를 통해 교화를 주관하였다.
