하천생태계에는 압록강·대동강·한강·금강·낙동강 등 긴 하천뿐만 아니라 짧은 하천들도 포함된다. 하천은 계곡의 계류, 상류, 중류, 하류 및 하구로 구분되는데, 이들은 각각 생육환경이 다르므로 서식하는 생물의 종류가 다르다. 하천생태계에서는 생산자인 식물플랑크톤이 초식동물(동물플랑크톤·수서곤충·송사리 등)에 먹히고, 초식동물이 1차육식동물(붕어·잉어)에 잡아먹히며, 1차육식동물이 2차육식동물(메기·가물치 등)에게 먹히는 食物連鎖로 이어진다. 하천의 계류나 상류는 수온이 낮아서 식물플랑크톤이 번식하지 못하므로 낙엽을 초식성 수서곤충인 날도래류가 먹고, 이것을 육식성 곤충이나 물고기가 먹는 식물연쇄도 이루어진다.

　하천생태계는 현재 물이 화학적으로 오염되었을 뿐만 아니라 그릇된 하천 정비사업으로 直江化됨으로써 물이 자연스럽게 흐르는 여울과 깊게 고이는 소가 없어졌고, 洑와 댐을 쌓음으로써 물고기가 자유스럽게 이동하지 못하는 문제를 안고 있다