고려의 의료제도는 초기에 당의 제도에 의하여 정비되었던 것이, 문종 때는 송의 제도를 참작하여 다시 개혁하여 太醫監과 尙藥局을 두 기둥으로 하는 중앙의 의료기구로 정착되었다. 이 제도가 후기에 이르러 태의감이 司醫署·典醫寺 등으로 바뀌기를 거듭하고, 상약국은 奉醫署·掌醫署로 바뀌기를 거듭하는 변화가 있었다.

　그러나 후기에도 중앙의료기구는 태의감과 상약국의 전통 위에 그 제도가 유지되고 있었다고 할 수 있다. 그것들이 어떻게 변하고 있었는지 적어보면 다음과 같다.

　충렬왕 34년(1308)에 전의시(태의감)는 사의서로 이름을 바꾸고 提點(정3품) 2명, 令(정3품) 1명, 正(종3품) 1명, 副正(종4품) 1명, 丞(종5품) 1명, 郞(종6품) 1명, 直長(종7품) 1명, 博士(종8품) 2명, 檢藥(정9품) 2명, 助敎(종9품) 2명을 두었다.⁰⁴³⁴⁾≪高麗史≫권 76, 志 30, 百官 1, 典醫寺 충렬왕 34년. 이것은 문종 때의 태의감 인원과 비교할 때, 종9품 이상의 관리 2명이 늘어난 셈이다. 그리고 관직명도 많이 바뀌고 있는 것이 눈에 띈다. 사의서는 그 후 전의시로 이름을 바꾸고 제점을 없애고 영을 판사로, 랑을 主簿로 고쳐 불렀다. 제점은 원래 金의 太醫院 및 御藥院 제도에 처음으로 쓰이게 된 이름인데 그것이 원나라에 이어졌던 관직이었다. 충렬왕이 그 명칭을 제점으로 바꿨던 것은 원나라의 제도에 따랐던 것이라고 하겠다.

　공민왕 5년(1356)에 전의시는 다시 태의감으로 이름이 바뀌었다. 그리고 正을 감, 부정을 소감으로 고쳐 부르고 검약을 없앴다. 그러던 것이 공민왕 11년에는 또다시 전의시가 된다. 감은 정이 되고, 소감은 부정으로 하고 검약을 도로 만들었는데, 7년 후인 공민왕 18년에는 또 바뀌어 태의감이 되어 관직명도 환원되었다.⁰⁴³⁵⁾≪高麗史≫권 76, 志 30, 百官 1, 典醫寺 공민왕. 그것은 3년 만에 다시 전의시로 되돌아가서 관직명도 바꾸었다. 16년 동안에 세 번 바뀐 것이다. 원나라의 압력을 물리치려는 끈질긴 의도가 깔려 있었던 것으로 생각된다.

　상약국은 봉의서로 되었다가, 충선왕 2년(1310)에 장의서로 바뀌었고 그 후 다시 봉의서로 되돌아갔는데, 영(종6품), 직장(정7품), 의좌(정9품)의 관직을 두었다. 그것이 공민왕 5년에는 尙醫局이라고 이름이 바뀌고 영을 奉御라는 문종 때의 관직명으로 바꿨다. 공민왕 11년에는 다시 봉의서라 부르고 봉어를 영으로 하였다. 공민왕 18년에는 다시 상의국으로 하고 봉어로 개칭했다가, 공민왕 21년에 봉의서로 다시 바꾸고 영으로 관직명도 바꾸었는데, 공양왕 3년에는 전의시에 병합되고 말았다.⁰⁴³⁶⁾≪高麗史≫권 77, 志 31, 百官 2, 奉醫署.

　중앙의 다른 의료 관련기구인 東西大悲院과 惠民局은 오랫동안 없어졌다가 충숙왕 11년(1324)에 다시 설치하여 민중의 질병을 치료하도록 했다. 혜민국은 충선왕 때 사의서에 소속하게 했다가 공양왕 2년에 惠民典藥局으로 바꾸었다.