鎌倉幕府[가마꾸라 바꾸후]를 멸망시킨 將軍 足利尊氏가 京都를 제압하고 持明院統의 光明天皇을 내세워 大覺寺統의 後醍醐天皇에게 양위를 요구하자, 후제호천황은 남쪽의 吉野로 피신하여 황위의 정통성이 자신에게 있음을 주장하였다. 이로부터 길야의 조정과 京都의 조정이 둘로 나뉘어 별도의 연호를 사용하며 대립하는 南北朝시대가 시작되었다. 약 60년간 계속된 남북조의 동란도 족리존씨의 손자 足利義滿이 장군에 취임할 무렵부터 진정되기 시작하여, 조선 태조 원년(1392)에 남북조의 통합을 이루고 내란에도 종지부를 찍을 수 있게 되었다. 족리의만은 전국적인 통일정권으로서 막부를 확립시키고 경도의 室町에 장려한 저택을 지어 거기서 막부통치를 행하였으므로, 후일 이 막부는 室町幕府[무로마찌 바꾸후]로 불리게 되었다.

　족리의만은 제국의 강력한 守護와 제휴하고 연합하려는 목표를 가지고 막부의 통치기구를 조직하였다. 겸창막부의 執權에 해당하는 管領을 두어 수호에 대한 장군의 명령도 관령을 통하여 시달되었다. 이들 관령에는 足利氏 일족의 유력한 수호인 細川·斯波·畠山 3씨가 임명되었다. 관령 아래에서 경도의 경비와 재판을 담당하는 侍所에는 赤松·山名·一色·京極의 4씨를 임명하는 것이 관례가 되었다.

　또한 실정막부는 장군의 권력을 지켜주는 군사력의 형성에도 힘써 족리씨의 가신이나 수호의 일족 또는 지방무사를 모아 奉公衆이라고 불리는 직할군을 편성하였다. 봉공중은 보통 경도에서 장군을 호위하는 일을 맡았으나, 제국에 흩어져 있는 御料所라는 장군의 직할령을 관리하며 수호의 동향을 감시하는 역할을 수행하였다. 이렇게 막부의 통치체제가 점차 자리잡아 가자 족리의만은 남북조 동란기에 지나치게 강대해진 수호의 통제에 착수하여「明德의 亂」과「應永의 亂」을 통해 山名氏와 大內氏를 각각 토벌하기도 하였다. 전성기를 맞이한 족리의만은 화려한 별장인 金閣을 완성시켰고, 명에 보낸 國書에서「日本國王臣源」이라고 칭하였다.

　막부는 주요한 지방기관으로서 鎌倉府와 九州探題 등을 설치하였다. 원래 족리존씨는 겸창막부가 있었던 關東을 특히 중요시하여 겸창부를 열고, 그의 아들 足利基氏를 鎌倉公方으로서 관동 8국 외에 伊豆와 甲斐를 합친 10개 국을 맡겼다. 이후 겸창공방은 족리기씨의 자손이 세습하게 되었고, 겸창공방을 보좌하는 關東管領은 上杉氏가 세습해 나가게 되었다. 겸창부의 조직은 막부와 비슷하였고 권력도 상당히 컸으므로, 머지않아 장군에 대해 반항하는 일도 나타나 때때로 막부와 충돌하였다.

　실정막부의 재정적 기초는 어료소로부터의 수입이었으나, 이것이 전국에 산재하여 있는데다 수호의 독립적인 경향이 커짐에 따라 수입은 감소하여 갔다. 그러므로 畿內나 近國의 寺社本所領에 대해 임시로 부과하는 段錢 등을 중요한 재원으로 삼지 않으면 안되었으나, 이는 莊園領主의 반발을 초래할 뿐 아니라 농민의 격렬한 저항을 불러일으키기 일쑤였다. 그 밖에 경도에서 고리대업으로 큰 수입을 올리고 있던 土倉이나 酒屋에 과세하는 土倉役과 酒屋役, 중요한 교통로에 설치된 關所에서 거두는 關錢 등이 주된 세원으로 되었다. 또 동아시아 정세가 안정됨에 따라 명과의 조공무역에서 얻는 이익도 결코 무시할 수 없었다.