三醫司는 본래 전의감·혜민국·제생원을 지칭하는 것이었으나 제생원이 혜민국에 합속한 뒤로는 내의원·전의감·혜민국을 지칭하는 것이다. 그리고 여기에 활인서를 추가하여 四醫司라고도 한다.