≪동의보감≫ 25권 25책은 목차 2권, 內景篇 4권, 外形篇 4권, 雜病篇 11권, 湯液篇 3권, 鍼灸篇 1권으로 구성되어 있다. 그 내용을 살펴보면 다음과 같다.

內景篇(附, 修養 附, 養老)

권 1　身形, 精, 氣, 神

권 2　血, 夢, 聲音, 言語, 津液, 痰飮

권 3　五臟六腑, 肝臟, 心臟, 脾臟, 肺臟, 腎臟, 膽腑, 胃腑, 小腸腑, 大腸腑, 膀胱腑, 三焦腑, 胞, 蟲

권 4　小便, 大便

外形篇

권 1　頭, 面, 眼

권 2　耳, 鼻, 口舌, 齒牙, 咽喉, 頭項, 背

권 3　胸, 乳, 腹, 臍, 腰, 脇, 皮, 肉, 脉, 筋, 骨

권 4　手, 足, 毛髮, 前陰, 後陰

雜病篇

권 1　天地運氣, 審病, 辨證, 診脈, 用藥, 吐, 汗, 下

권 2　風, 寒上

권 3　寒下, 暑, 濕, 燥, 火

권 4　內傷, 虛勞

권 5　霍亂, 嘔吐, 咳嗽

권 6　積聚, 浮腫, 脹滿, 消渴, 黃疸

권 7　痎瘧, 瘟疫, 邪崇, 癰疸上

권 8　癰疸下, 諸瘡

권 9　諸傷, 解毒, 救急, 怪疾, 雜方

권 10　婦人

권 11　小兒

湯液篇

권 1　湯液序例, 水部, 土部, 穀部, 人部, 禽部, 獸部

권 2　魚部, 蟲部, 果部, 菜部, 草部上

권 3　草部下, 木部, 玉部, 石部, 金部

鍼灸篇

鍼灸

　여기서 內景이란 ‘몸안을 살펴본다’라는 뜻인데, 이 내경편에서는 인체내의 오장육부와 인체의 생명과 활동을 가능하게 하는 일반적인 원리와 개념들에 대해서 다루었다. 外形은 말 그대로 몸 바깥의 형태를 뜻하는데, 외형편에서는 사람의 근골·肌肉·혈맥·피부 등에 대하여 다루었다. 잡병편에서는 天地運氣·審病·辨證·診脈·用藥에서부터 부인병·소아병에 이르기까지 매우 폭넓게 병과 관계되는 사항들을 다루었다. 이렇듯 내경편·외형편·잡병편에서는 해부·생리·병리를 포함하는 전반적인 의학체계를 세워 놓았다.

　한편 탕액편에서는 본초에 대한 지식, 약리학, 약의 조제 처리법 일반에 대해 다루었다. 또 약의 일반을 설명하는 序例의 조항을 따로 두어 약초를 캐는 법, 약초를 말리는 법, 약을 다리는 법, 약의 분량, 약의 성미 등을 다루었다. 탕액편의 서례 다음에는 640여 개의 약재들이 각기 水部·土部·穀部·人部·禽部·獸部·魚部·蟲部·果部·菜部·草部·木部·玉部·石部·金部 등 16 부문으로 나뉘어 실려 있다. 이들 약재들은 주로 송나라 때 나온≪經史增類大觀本草≫를 인용했고, 여기에 명나라 때 저술된≪의학입문≫등에 실려 있는 약재들과≪향약집성방≫ 등에 기록되어 있는 향약을 덧붙였다. 이들 약재들의 이름은 모두 별도의 한글 표기가 되어 있어서 약초를 분별하고 쉽게 약을 쓰는 데 도움이 되었다.

　침구편에는 침구에 관한 것만을 별도로 가려 모아 놓았다. 주로≪銅人經≫을 중심으로 꾸며 놓았는데, 여기에≪資生經≫·≪醫學入門≫·≪醫學綱目≫ 등의 책에 나오는 침구 내용을 덧붙였다. 이렇게 탕액편과 침구편이 갖추어짐으로써 내경편·외형편·잡병편에 대한 구체적인 치료법의 기초가 마련되었다.

　≪동의보감≫의 편집체계는 독특하다. 내경·외형·잡병편에서는 각 綱의 類에 따라 項을 나누었고, 각 항의 류를 세부 目으로 나누고, 각 항목의 아래에는 그 항에 해당하는 병론과 처방약을 빠짐없이 채록하고 출전을 밝혔다. 그리하여 각 병증에 관한 고금의 치료방법을 일목요연하게 파악할 수 있게 하였다. 이 점은≪동의보감≫의 목차 작성에서도 그대로 드러나 있다. 보통 의서들이 큰 목차만 실어 놓고 있는데 비해≪동의보감≫은 훨씬 세분화된 목차를 실어놓고 있다. 각각의 병증과 이에 해당되는 처방까지를 목차에 실어놓고 있는데 이는 마치 오늘날의 백과사전같은 느낌을 준다. 그러므로 많은 처방서를 참고할 여가를 가지지 못한 임상가들은≪동의보감≫을 통해 손쉽게 고금의방을 열람할 수 있다.

　≪동의보감≫은 매권마다 많은 내용을 포함하고 있는데,≪素問≫·≪靈樞≫를 비롯하여≪傷寒論≫·≪病源候論≫·≪千金方≫ 등의 의학 기본서는 물론이고, 송·원·명의 주요 의서들을 모두 망라하였다. 특히 허준은≪동의보감≫ 편찬 직전에 나온 명의 대표적인 의서인≪醫學正傳≫·≪丹溪心法附餘≫·≪醫林集要≫·≪醫學綱目≫·≪本草集要≫·≪古今醫鑑≫·≪萬病回春≫·≪醫學入門≫등의 서책들을 많이 인용하였다. 또한 조선에서 나온≪향약집성방≫·≪의림촬요≫등도 자주 인용하였다. 이 중에서도 특히 허준이 중요하게 인용하고 있는 문헌들은 명 중엽에 나온≪東垣十書≫·≪의학정전≫·≪고금의감≫·≪만병회춘≫·≪의학입문≫ 등이다.