≪동의보감≫에서 가장 두드러지게 나타나는 특징은 치료보다도 예방, 더 나아가 건강 그 자체를 더욱 중요하게 추구하고 있다는 점이다. “養生의 도로 본질을 얻을 수 있고 의술로는 단지 엉성함을 얻을 수 있다”는 것이≪동의보감≫의 가장 기본적인 철학이다. 이에 따르면 병을 치료하는 의술은 양생의 근본을 따지는 도에 미치지 못한다는 것이다. 이같은 태도는 도교적 養生法에 크게 영향을 받은 것이다.≪동의보감≫은 도교의 중요 경전인≪黃庭經≫의 內景의 뜻을 본받아서 精·氣·神을 중요하게 여겼으며, 그로부터 내장 장기의 생리적 기능과 그것들의 직접적 병증을 일괄하여, 다른 의서에는 보이지 않는 내경편을 신설하였다. 허준은 의학의 근본을 調攝修養에 두고, 치료법인 藥石의 사용을 그 다음으로 하였던 것이다.

　≪동의보감≫에서 두번째로 나타나는 특징은 약을 다리는 데 드는 약의 양을 이전보다 줄여 실정에 맞게 했다는 것이다. 옛 처방에서는 약을 다리는 데 드는 약의 분량이 매우 많아 약의 손실이 많았으며, 또한 갑자기 갖추어 쓰기가 어려운 경우가 많았다. 허준은 옛 처방 대신에 명의 龔信, 龔廷賢 부자의≪고금의감≫·≪만병회춘≫ 등의 처방에 나오는 약의 분량을 기준으로 삼아 약의 양을 대폭 줄여 실정에 맞게 하였다.

　세번째 특징은≪동의보감≫에 면면히 흐르고 있는 자주성이다.≪동의보감≫의 集例에서 허준은 중국의 의학을 北醫·南醫라 부르면서 우리의 의학을 東醫라 부를 것을 주장하였다. 이는 이전까지의 향약의 개념과는 매우 다른 것이다. 향약의 개념이 단지 자국산 약재만을 지칭하는 것이었다면, 동의는 전반적인 의학체계를 의미한다. 이미≪의방유취≫와≪향약집성방≫의 전통을 가지고 있는 우리 나라의 의학이≪동의보감≫의 출현으로 인하여 중국의 의학과 견주어서 조금도 손색이 없다는 자신감이≪동의보감≫이라는 이름에 실려 있다. 자주성의 표현은 단지 명칭에만 그친 것이 아니다.≪동의보감≫은 당시의 중국 의학을 완전히 소화하여 높은 의학수준을 과시하였다. 또한 실제 조선에서의 경험과 식견이≪동의보감≫ 안에 충분히 담겨 있다. 이같은 사실은 본초부문에서 더 잘 드러난다.≪동의보감≫은 당시 사용하고 있던 향약을 특별히 중요하게 여겨 모든 향약명을 한글로 표시하여 놓았다.

　≪동의보감≫의 가장 큰 의학사적 의의는 무엇보다도 의학의 통합이라는 측면에서 찾을 수 있다. 조선 중기의 의학적 상황을 보면,≪향약집성방≫으로 종합된 향약과 고려시대·조선 전기를 통해 계속 들어온 중국의 송·원·명초의 의학들이 어지럽게 섞여 있었다. 그런데 허준의≪동의보감≫의 출현으로 해서 이같은 상황은 말끔히 해소되었다. 허준은 고금의 설과 조선 초기의 의학적 전통을 예리한 통찰력으로 엮어내어 획기적인 통합의학체계를 만들어 냈다. 중국에서도 이같은 의학의 통합·정리는 당시 이루어지지 않았다.

　두번째≪동의보감≫의 의의로 들 수 있는 것은 후대 의술에 끼친 막대한 영향이다. 이후에 나온 상당히 많은 국내의 의서들이≪동의보감≫을 원전으로 하여 저술되었다. 그 중 대표적인 것으로 정조 때 나온 康命吉의≪濟衆新篇≫과 고종초에 나온 黃度淵의≪醫宗損益≫을 들 수 있다. 이 두 책은 모두 당시를 대표하는 의서였다.≪동의보감≫과 이를 바탕으로 한 의서들의 출현으로 해서 국내 의학에서 일종의 표준화가 이루어졌다고 보아도 무방하다. 의술을 펼치는 사람들이 번잡한 여러 처방의 늪에서 헤매지 않고 이들 책을 통해 잘 정리된 처방을 쓰면 되었기 때문이다.

　세번째 의의는 세계 의학계에 끼친 영향에서 찾을 수 있다.≪동의보감≫은 국내에서 출간된 이후 곧 일본과 중국에 전해져서 여러 차례의 번각을 보았다. 凌魚는 이 책의 중국판 서문에서 이 책을 간행한 左翰文에 대해 “천하의 보물을 천하와 함께 한 것”이라 칭송하였다. 또한 일본판은 源元通이 발문을 썼는데, “백성을 지키는 으뜸되는 의학 경전이요 醫家의 귀중한 책”이라고 칭송하였다. 이와 같이≪동의보감≫은 중국과 일본에서 그 학술적 가치가 높이 평가되었다. 아마 우리 나라 사람의 저서로서≪동의보감≫처럼 중국인이나 일본인에게 그렇게 널리 읽혀진 책은 없을 것이다.