태조는 즉위년(1392) 9월에 太廟(宗廟)를 조성할 땅으로 옛 소격전 자리를 고른 후 10월에 太廟造成都監을 열어 12월부터 공사에 착수하였다. 이 공역은 3년 정월에 마쳤는데⁶⁸⁸⁾≪太祖實錄≫ 권 2, 태조 원년 9월 무신. 10월 정사·기사 및 권 4, 태조 2년 12월 을해 및 권 5, 태조 3년 정월 정미·4월 경인. 한양으로 천도하고 도성건설에 착수하면서도 태조는 태묘 짓는 일을 서둘렀다. 태조 4년 9월 경복궁과 함께 완성된 태묘의 규모는 大室 7칸, 同堂異室 內作石室 5칸, 左右翼室 각 2칸, 功臣堂 5칸, 神門 3칸, 東門 3칸, 西門 1칸이었다.

　또 둘레에 담장을 두르고 담장 밖에 神廚 7칸, 享官廳 5칸, 좌우행랑 각 5칸, 남행랑 9칸, 齋宮 5칸 등을 지었다.⁶⁸⁹⁾≪太祖實錄≫ 권 8, 태조 4년 9월. 공사가 완성되자 宗廟移安都監을 열고 개성으로부터 4대 신주를 모셔왔다. 백관들이 공복을 갖추어 입고 盤松亭까지 나아가 맞이하고, 판문하부사 權仲和가 이안제를 주관하였다. 그리하여 皇高祖考穆王·皇高祖妣孝妃, 皇曾祖考翼王·皇曾祖妣貞妃, 皇祖考度王·皇祖妣敬妃, 皇考桓王·皇妃懿妃의 4대 신주가 祔廟되었다. 태조 7년에는 종묘 남쪽에 산을 만들었다.

　태종 6년(1406) 2월에 이조판서 이직 등이 공사를 감독하여 재궁을 지었고,⁶⁹⁰⁾≪太宗實錄≫ 권 11, 태종 6년 2월 신사. 9년 3월에는 남쪽에 만든 산을 증축하였다.⁶⁹¹⁾≪太宗實錄≫ 권 17, 태종 9년 3월 을사. 태종 8년 5월에 상왕이 붕어하자 魂殿인 文昭殿에 영정을 봉안하고 제사를 지내다가 태종 10년에 종묘에 이안하였다. 이 때 太祖祔廟都監을 열고 성산군 이직과 예조판서 徐愈를 제조로 삼았으며 태종이 친히 나가 종묘를 살폈는데, 그 구조가 매우 허술하였으므로 보완책이 논의되었다. 본전 앞 부분에 처마를 보수해서 비가 들여치지 않게 하면 좋으나 어두워질 염려가 있었으므로 제삿날 비나 눈이 와도 가릴 수 있게 동서로 廊을 짓기로 결정하였다. 또 공신당이 너무 초라하므로 다시 짓기로 해서 5월에 착공하였다.⁶⁹²⁾≪太宗實錄≫ 권 19, 태종 10년 5월 임진. 공역이 마무리되면서 7월에 太祖康憲大王과 神懿王后의 신주가 종묘에 봉안되었다. 이 부묘의례는 후대를 감안하여 논의가 여러 차례 거듭될 정도로 아주 신중히 진행되었다.

　태종 13년 정월에 궐문 앞과 마찬가지로 종묘동구에 나무로 표를 만들어 세워 모든 관리들이 이곳을 지날 때에는 말에서 내리도록 했다.⁶⁹³⁾≪太宗實錄≫ 권 25, 태종 13년 정월 신축. 또 3월에는 남쪽에 만든 산 밖으로 담장을 두르기도 하고 享官淸齋廳을 재전의 동남으로 이건하였다.⁶⁹⁴⁾≪太宗實錄≫ 권 25, 태종 13년 3월 경술. 태종 16년(1416) 정월에는 종묘 담장을 트고 북문을 냈으며 9월에는 창덕궁 동남 협문에서 종묘 북쪽담에 이르기까지 담장을 쌓았다. 또 그 해 7월에는 祭器庫와 宰牲房을 새로 지었다.⁶⁹⁵⁾≪太宗實錄≫ 권 31, 태종 16년 정월 기유 및 권 32, 태종 16년 9월 을묘·7월 병진.

　태조 때 종묘 정전은 신실 5칸의 규모로 추존한 4대를 모시고 태조를 부묘하니 가득찼다. 세종 원년(1419) 9월에 정종이 승하하니 신주 모실 자리가 없어 遷主의 조치가 논의되었고 본전 서쪽에 별묘를 세우기로 하였다. 이것이 바로 永寧殿인데, 세종 3년 7월에 風水家 李陽達·高仲安 등이 정전 서쪽에서 길지를 고르고 8, 9월에 시공하여 10월에 준공하고 12월부터 천위를 시작하였다.⁶⁹⁶⁾≪世宗實錄≫ 권 12, 세종 3년 7월 무인·10월 무술 및 권 14, 세종 3년 12월 을사. 영녕전은 정전 4칸, 동서의 협실 각 1칸 그리고 월대 층계 담장 등은 종묘와 똑같게 조영하였다.⁶⁹⁷⁾≪世宗實錄≫ 권 12, 세종 3년 8월 병신.

　세종 14년 정월 安崇善이 태조의 혼전인 문소전과 태종의 혼전인 廣孝殿을 따로 설치한 일이 사리에 합당하지 않으니 경복궁 북쪽의 좋은 터전에 5칸 규모로 原廟를 짓고 合祀해야 한다고 주장하였다. 세종은 이를 받아들여 그 달 보름날 풍수가들을 시켜 터를 잡게 하고, 한편으로는 태조의 영정과 태종의 신주를 어떻게 모셔야 타당한가 등의 절차까지도 검토하게 하였다.⁶⁹⁸⁾≪世宗實錄≫ 권 55, 세종 14년 정월 병인·을해·병자·무인·기묘. 원묘에 봉안하였다가 때가 되면 종묘에 부묘하는 일을 제도화하려 한 것이다.

　명종 원년(1546) 6월에 종묘 정전 3칸을 늘이는 공사를 착공하여 9월에 준공하자 29일에 인정전에 옮겨 모셨던 신주들을 다시 봉안하였다.⁶⁹⁹⁾≪明宗實錄≫ 권 3, 명종 원년 6월 병오 및 권 4, 명종 원년 9월 계미·갑신·10월 무자.

　선조 25년(1592)에 종묘·영녕전과 일곽의 여러 건물이 불에 탔다. 그래서 조선 중엽에 간행된≪국조속오례의≫에 실린 도면을 통해 현존하는 유구가 옛 모습을 간직하고 있음을 알 수 있을 뿐이다.

　현존하는 종묘의 石壇과 석계가 초기의 것인지, 중건할 때 새로 구축한 것인지는 분명하게 밝힐 수 없지만, 제도는 초기의 것이 그대로 지속되고 있다고 보아도 좋을 것이다. 版位의 상태로 보아 제관들은 동문으로 출입하였던 것 같다. 그 동문 안의 석계 소맷돌에 새겨져 있는 구름무늬 조각이 강한 암시를 주고 있기 때문이다. 즉 종묘는 神域이고 신역은 하늘의 나라이니, 곧 구름 위이다. 제관들은 구름 위로 올라가 신위에게 제향하는 노릇을 하였다. 제관이 드나드는 동문 안의 석계 소맷돌을 딛고 올라서면 구름의 위가 되니 곧 신의 세계였던 것이다. 처음에는 進饌할 때에도 동문으로 해서 泰階를 올라가게 되어 있었고 구름무늬 소맷돌은 태종 이전에 설치되어 있었던 것으로 추정된다. 예조가 옛 제도를 다시 탐구하여 정문으로 들어가는 것이 옳다고 해서 태종 16년 정월에 바꾸었기 때문이다.⁷⁰⁰⁾≪太宗實錄≫ 권 31, 태종 16년 정월 임인.