대동법은 그 시행과 동시에 새로 설치된 선혜청에 의하여 관리·운영되었다. 처음 대동법이 경기도에 시험적으로 실시될 때(光海君 즉위년, 1608) 이 제도를 宣惠之法이라 이름한 데서 그 관장기구를 宣惠廳이라 명명하고, 여기에 이미 설치했던 常平廳을 합속시켰던 것이다.

　그러나 인조 2년(1624) 강원·충청·전라도에도 경기의 宣惠之法이 확대 시행되자, 이 제도의 관장기구로 또 하나의 기관이 설치되었다. 선혜지법을 大同法이라고 명명한 데서 나타난 三道大同廳이 바로 그것이다. 하지만 이 기관은 이듬해에 충청·전라도의 대동법이 혁파됨과 동시에 폐지되고, 그 대신 호조 산하에 大同廳이 설치되어 江原道大同法을 담당하게 되었다. 이리하여 仁祖 때에는 常平事와 京畿大同事를 관장하는 宣惠廳과 江原大同事를 관장하는 호조 산하의 大同廳이 병립하여 두 도의 대동법을 각기 관장하는 실상을 이루었다.

　그러다가 효종 3년(1652)에 이르러 충청도에 다시 대동법이 실시되면서 선혜청 산하에 새로이 湖西大同廳이 설치되자 이를 계기로 호조의 대동청도 선혜청으로 이속되어, 3도의 대동법이 모두 선혜청에 의하여 관장되게 되었다. 선혜청은 이에서 경기·강원·충청의 三道大同事와 常平事를 함께 관장하는 하나의 새로운 재정기관으로 그 위치가 확립되었을 뿐 아니라, 뒤이어 전라·경상·황해도에도 대동법이 실시됨에 따라 그 위상이 더욱 강화되었다. 호남·영남·해서의 대동청을 더 거느리게 되었을 뿐 아니라, 肅宗과 英祖 때에는 賑恤廳과 均役廳을 각각 아우르게 되어, 호조를 능가하는 조선왕조 최대의 재정기관으로 그 위상을 성장시켜 갔던 것이다. 이제 그 경위를 표로 일람하면＜표 11＞과 같았다.

　1894년 갑오경장으로 혁파되기까지 조선 후기의 최대의 재정기구로 자리하게 된 선혜청은 그 설치 당초부터 막중한 재정업무를 담당하는 기관이었던 데서 영·좌·우의정 3명이 都提調를 겸하고 호조판서를 비롯한 종 2품 이상의 관원 3명이 提調를 겸하였다. 그리고 專任 提調 1명(선혜청 堂上)과 산하 각 廳의 郎廳⁰⁹⁵⁴⁾郎廳은 僉正이나 郡守를 지낸 바 있는 관원에서 선발하여 각 大同廳과 常平·賑恤·均役廳에 각기 1명씩 배치되는 것이 원칙이었으나, 시기에 따라 그 置廢와 兼務가 변화 무상하였다. 그리고 海西廳의 경우에는 당초부터 湖西廳 郎廳이 겸무하였고, 英祖 34년부터는 江原廳 郎廳이 겸무하였다.들에 의하여 그 업무가 수행되었으며, 각 郎廳 산하에는 計士(算員) 1명과 書吏·庫直·使令·軍士 등이 수명씩 배치되어 업무를 보좌하였다. 단, 각 대동청의 剩餘를 모아서 선혜청의 役員 朔料와 경비보조 업무를 맡았던 公剩色에는 전임 郎廳이나 計士를 두지 않고, 각 청의 역원들로 하여금 돌아가며 집무하게 하였다.

　이와 같이 구성·조직된 선혜청에는 산하의 각 청마다 독자적으로 內庫와 江倉을 비롯한 수개의 창고를 보유하고 있었다. 그것은 각 청이 선혜청에 다 같이 예속되어 있기는 했지만, 상호간의 사무에 뒤섞임이 생기지 않도록 각 청의 사무를 독립적으로 수행하게 하였기 때문이다.