1506년의 中宗反正은 대다수 신민의 지지를 받았고 중종은 성종의 적자 신분으로 친부의 왕위를 入承하였으므로, 종법적으로도 별로 문제가 없는 것으로 간주되었다. 인종은 1544년 11월 중종의 적장자로 왕위를 계승하여 정상적인 사례가 되었으나, 즉위한 지 8개월 만에 죽었다. 인종에게는 아들이 없었으므로 동생인 慶原大君(明宗)이 12세의 어린 나이에 대통을 계승하게 되었다. 이러한 형제상속도 왕위계승의 변례로 인정되는 것이기는 하였으나 항상 갈등이 일어날 소지가 있었다. 중종 말기부터 인종의 외척인 尹任 일파(大尹)와 경원대군의 외척인 尹元衡 일파(小尹) 사이에 갈등과 암투가 시작되었고, 결국 1545년 명종의 즉위 직후 乙巳士禍라는 참혹한 정변이 발발하였다.

　文定王后의 섭정으로 시작된 명종대의 정치는 그녀와 윤원형 일파에 의해 농단되었다. 인종은 삼년상이 지난 후 종묘에는 부묘되었으나, 왕실의 原廟인 文昭殿에는 부묘되지 못하고 德宗의 사당인 延恩殿에 붙여짐으로써 종통에서 그의 위치는 애매하게 되었다. 원묘는 대궐 안에 설치되어 있던 왕실의 사적인 家廟와 같은 것이었는데 인종이 여기서 배제되었다는 것은 종통과 관련하여 논의의 여지를 가지는 것이었다. 대간의 일부 관료들과 사림은 이 일을 부당한 것으로 비판하였으나 훈척세력에 의해 묵살되었다. 결국 인종은 윤원형 일파가 몰락하고 사림이 정치의 주도권을 장악한 후인 선조 2년(1569)에 가서야 논란 끝에 명종과 함께 문소전에 부묘될 수 있었다. 이렇게 하여 인종은 종통을 회복하였지만, 명종이 인종의 대통을 계승한 것인지 중종의 대통을 계승한 것인지는 명확하지 않았다.

　명종 2년(1547)에 인종의 문소전 부묘가 문제로 되었던 것은 그렇게 할 경우 명종의 고조인 세조를 체천해야 하는 문제가 있었기 때문이다. 인종과 명종이 형제간이었기 때문에 이러한 일이 일어나게 된 것이다. 문소전은 태조의 유언에 의해 5실을 넘지 못하도록 하였기 때문에 태조와 현왕의 직계 4대조만 모시도록 되어 있었다. 고조인 세조를 체천하는 것도 어려운 일이었고 묘실을 더 늘리는 것도 어려운 일이었다. 이 때 대부분의 신하들은 세조를 체천하고 인종을 부묘할 것을 주장하였다. 그러나 윤원형 등이 세조가 공이 많고 인종은 즉위한 지 1년도 되지 않았다는 이유로 반대하여 결국 문소전에 부묘하지 못하고 별묘인 연은전에 모시게 되었던 것이다.⁰³⁵⁷⁾池斗煥, 위의 책, 103∼106쪽.

　선조 2년(1569)에 명종의 삼년상이 끝나 신주를 종묘와 문소전에 부묘하게 되자, 李浚慶 등 사림계 관료들은 인종도 함께 문소전에 부묘할 것을 주장하였다. 그러나 문소전에는 묘실이 5실밖에 없었고 건물이 협소하여 1실을 더 올리기 어려웠다. 그러자 삼사에서는 인종과 명종이 부자관계의 의리가 있다고 하여 각기 1세대로 하고 세조와 예종을 함께 체천할 것을 주장하였다. 그러나 다수의 의견은 선조가 명종을 아버지로 하고 인종을 할아버지로 하는 것은 名實에 어긋나고, 또 예종은 선조의 고조에 해당하므로 체천하기 어렵다고 보았다. 결국 문소전을 개축하여 묘실을 증설하고 예종을 그대로 둔 채로 인종을 부묘하게 되었다.⁰³⁵⁸⁾李肯翊,≪燃藜室記述≫別集 권 1, 祀典典故 原廟.

　인종과 명종의 형제상속으로 인한 문제는 여기에 그치지 않았다. 1567년 명종이 죽자 형수인 恭懿殿(仁聖王后；인종의 비)이 입을 상복을 두고 복제 논쟁이 일어나게 되었다. 이것은 이황과 기대승 사이에 일어난 논쟁이었다. 이 때 이황은 왕이나 왕비는 방계의 친속을 위해 상복을 입지 않으므로, 형수와 시동생 관계인 공의전과 명종 사이에는 복이 없지만, 다만 명종은 동생으로서 왕위를 계승하였으므로≪家禮≫의 규정에 따라 小功服을 적용하는 것이 합당할 것으로 헌의하였다. 이에 대하여 기대승은 형제간에 왕위를 계승하게 되면 부자간의 의리가 생기게 되므로 상복도 부자간의 복으로 하여야 한다고 주장하였다. 이를 ‘繼體의 服’이라고 한다. 그러므로 공의전도 명종에 대하여 어머니가 長子를 위해 입는 복인 齋衰 3년복을 입어야 한다고 주장하였다. 이에 이황은 자신의 과오를 인정하고 기대승의 3년설에 승복하였다. 이것이 관례가 되어 선조 10년(1577) 공의전이 훙서하였을 때 선조도 재최 삼년복을 입었다.⁰³⁵⁹⁾李肯翊,≪燃藜室記述≫別集 권 2, 祀典典故 服制.