조선 중기부터 보태평과 정대업은 순전히 종묘제향악으로만 쓰였고, 향악정재로서의 보태평과 정대업은 그 전승이 끊어졌다.

　궁정음악에서 가장 중요한 것은 항상 종묘제향악이었다. 그러므로 조선 중기에 이르러서 겪은 여러 전란과 掌樂院 樂工과 樂生의 태부족⁰⁹⁰³⁾宋芳松,≪樂掌謄錄硏究≫(嶺南大 民族文化硏究所, 1980), 130쪽.에도 불구하고 그 음악은 대개 그대로 이어졌다. 다만 보태평에는 약간의 변화가 생겼다.

　중기 보태평은 인조 4년(1626)에 새로 지은≪宣祖樂章≫重光章(선율은 기존의 제11곡 繹成과 같음)이 제9곡 貞明 아래 첨입되어 전기의 그것과 달라졌고, 따라서 전기의 11곡에서 12곡으로 늘어났다. 그리고 12곡이 불합리하다는 논란이 이후 끊이지 않았지만, 이 12곡의 보태평은 오랫동안 당시의 연주 관행대로 종묘 各室에 한 곡씩 따로 연주되었다. 이러한 연주법은 영조대에 이르러 全曲을 通奏하는 방법으로 바뀌었고, 제8곡 龍光과 다음곡 貞明을 합하여 한 곡으로 만들어서 다시 보태평이 11곡을 이루게 되었다.⁰⁹⁰⁴⁾김종수,＜조선후기 宗廟樂章 논의＞(≪한국음악연구≫17·18, 한국국악학회, 1990).

　본래 보태평과 정대업은 주로 향악에 기초하여 창제되었다. 따라서 각 곡의 길이도 들쑥날쑥하고,≪世祖樂譜≫에 기록된 것처럼 그 박자와 리듬도 향악의 특색을 그대로 지녀서 불규칙적이고 복잡하다. 이러한 본래의 박자와 리듬이 조선 중기 이후 점차 변질되어서 1음 1박화 되는데, 그러한 박자의 변질은 영조대를 전후하여 이루어졌을 것으로 추측된다. 영조대에는 위에 언급한 것처럼 보태평, 정대업이 재정비되었고, 또한 여민락이 향악곡 중에서 화평한 좋은 악곡이므로 가능한 여러 향악곡의 박자와 리듬을 여민락과 비슷하게 정비하여야 한다는 논의도 있었다.⁰⁹⁰⁵⁾≪英祖實錄≫권 106, 영조 41년 10월 계축.

　보태평과 정대업의 리듬변화의 조짐은 악보에서도 발견된다. 즉≪대악후보≫와≪속악원보≫에 기록된 음악은≪세조악보≫에 비하여 선율과 가사가 육대강에 고르게 배치되었다(＜악보 1＞). 이러한 정간기보의 변화 추이는 보태평과 정대업의 리듬이 평이하게, 즉 점차적으로 1음 1박으로 향하는 단계적 현상으로 해석된다.

　한편 조선 중기의 보태평과 정대업은 초기의 제향악과 달리 그 편성규모에서도 축소되었다. 인조 7년(1629)과 21년의 기록에 의하면 당시 종묘(영녕전 포함) 제향악의 악공수는 登歌 20명, 軒架 22명, 文舞와 武舞 각 36명으로 되었고,⁰⁹⁰⁶⁾≪仁祖實錄≫권 20, 인조 7년 6월 갑술. 이러한 편성은 향후 거의 변함없이 후기까지 이어졌다. 참고로 숙종대의 종묘제향악의 악현은 다음＜그림 1＞과 같다.⁰⁹⁰⁷⁾≪宗廟儀軌≫(≪한국음악학자료총서≫권 19, 국립국악원, 1987), 25쪽. 원 그림에는 축만 있고 어가 없어서 이상하다. 따라서 등가와 헌가 악현에 어를 보완하였다. 성종대에 비하여 특히 헌가가 단출하게 되었고, 거문고·가야금·향비파 같은 현악기가 없어진 것이 이 시기 악현의 특색이다.