근대국어의 자음체계는 다음과 같다.

ㅂ　ㄷ　ㄱ　ㅈ　ㅅ　ㅎ

ㅍ　ㅌ　ㅋ　ㅊ

　　　ㄵ　ㅆ

ㅁ　ㄴ　ㅇ

　　ㄹ

　이 자음체계의 변화 중 가장 특징적인 것은 후기 중세국어에 존재하였던 ㅸ이나 ㅿ이 음운으로서의 기능을 잃어버려서, 유성마찰음이 우리 국어의 자음체계에서 완전히 사라지게 되었다는 점이다. 그리고 ᄻ도 17세기 후반에 ㅋ에 합류되어 버려 ㅎ의 대립적인 상관속을 잃게 되었다.

　후기 중세국어의 어두자음군들이 소멸한 점이 또한 중요한 특징이다. 문자표기상으로는    ㄵ     등이 사용되었으나, 이 합용병서들은 자음군을 표기하기 위한 것이 아니라 이미 된소리를 표기하는 것이었다. 이로써 국어에서 어두자음군이 완전히 사라지게 되었다.

　근대국어에서 가장 현저한 음운변화의 하나가 t口蓋音化라고 할 수 있다(둏다＞죻다＞좋다 등). 방언에서는 k구개음화(기름＞지름 등), h구개음화(형＞셩 등)도 일어났다. 어느 방언에서는 16세기에, 그리고 어느 방언에서는 18세기에 이루어졌다. 이 구개음화와 연관되어 어두의 ㄴ이 i, y 앞에서 탈락하는 현상이 일어났다(님금＞임금 등).

　유성적 환경에서 ㅎ이 탈락하는 현상이 일어났다(나라히＞나라이＞). 따라서 ㅎ종성체언의 말음 ㅎ이 탈락하여 ㅎ종성체언이 사라지게 되었다.

　‘알고’가 ‘알오’로 되는 것과 같이, ㅣ모음이나 ㄹ 아래에서 ㄱ이 탈락하는 현상이 없어지게 되었다. 따라서 어미 중 이러한 환경에 따른 이형태들이 사라지게 되었다. 예컨대 어미 ‘－고∼－오’의 교체가 없어지고 ‘－고’만 남게 되었다. 이 현상은 유추에 의해 일어난 변화다.