조정에 진출한 개화파들이 중심이 되어 개항 후의 정세변화에 대응하기 위해 외교와 통상을 관장하는 새로운 행정기구로서 종래의 의정부·6조 기구와는 별도로 1880년 12월(양력 1881년 1월) 통리기무아문을 신설하였다.⁰⁴³⁾ 全海宗,＜統理機務衙門 設置의 경위에 대하여＞(≪歷史學報≫17·18, 1962).
李光麟,＜統理機務衙門의 組織과 機能＞(≪學術院論文集≫－인문·사회과학편 26－, 1987).
金弼東,＜갑오경장 이전 朝鮮의 近代的 官制改革의 추이와 새로운 官僚機構의 성격＞(≪韓國社會史學會論文集≫33－한국의 사회제도와 농촌사회의 변동－, 문학과 지성사, 1992). 그 설치 목적은 “통리아문의 설치는 時務를 강구하고 變通을 참작함을 전담하기 위한 것이다”⁰⁴⁴⁾≪統理機務通商事務衙門章程≫(규장각 도서) 참조.라고 규정하고 있는 바와 같이 전적으로 개항 후의 정세변동에 대응하기 위하여 설치한 근대적 행정기구였다.

통리기무아문은 처음 설치할 때 다음과 같이 12司를 두어 업무를 분담하도록 하였다.

① 事大司：중국과의 외교문서와 사신 왕래 등 중국에 대한 외교를 관장 ② 交隣司：일본 및 기타 각국 관계의 문서와 사신 왕래 등의 외교사무를 관장 ③ 軍務司：서울과 지방의 군사를 통솔하는 사무를 관장 ④ 邊政司：邊政의 사무와 이웃 나라의 동정·정탐 등의 사무를 관장 ⑤ 通商司：중국 및 이웃 나라와의 통상사무를 관장 ⑥ 軍物司：병기제조 등의 사무를 관장 ⑦ 機械司：각종의 기계제조 등의 사무를 관장 ⑧ 船艦司：각종의 선박제조와 통솔 등의 사무를 관장 ⑨ 譏沿司：연안의 포구를 왕래하는 선박의 검사 등 사무를 관장 ⑩ 語學司：각국의 언어·문학 등을 번역·해석하는 사무를 관장 ⑪ 典選司：才藝를 택하여 취하고 각 司의 需用 등의 사무를 관장 ⑫ 理用司：財用의 경리 등의 사무를 관장

통리기무아문은 신설된 후 세 차례의 개편을 보았다. 그 첫 개편은 1882년 11월 통리기무아문을 統理衙門과 統理內務衙門으로 분화시킨 것이다. 그 다음은 한 달 후인 1882년 12월에 다시 통리아문을 統理交涉通商事務衙門으로 개칭하고 통리내무아문을 統理軍國事務衙門으로 개칭하였다. 이 때에는 김윤식·박정양·어윤중·김홍집·홍영식·김옥균·金明均·卞元圭·尹起晉·李源兢·尹致昊·李健鎬·呂圭亨·高永喆·張博·金基駿 등 개화파들이 크게 진출하여 활동하였다.

이 두 아문은 다시 1884년 10월 통리군국사무아문을 의정부에 통합시켰으므로 통리교섭통상사무아문만이 남게 되어 이것이 기구가 축소된 채 그 후 통리아문으로서 갑오경장 때까지 존속되었다.