독립협회는 국가자주권과 관련하여 열강에 대한 이권양도 반대론을 제기하였다.

　아관파천 이후 국왕이 러시아 공사관에 머물고 있던 관계로 러시아를 비롯하여 열강은 경쟁적으로 조선에 대하여 이권양도를 요구하였다. 당시 조선은 러시아·일본과 석탄고기지 조차문제, 러시아와 군사기지 매도문제, 러시아·미국·독일·영국·프랑스와 광산채굴권 양도문제, 미국·프랑스·일본과 철도부설권 양도문제, 러시아와 삼림채벌권 양도문제 등 열강으로부터 무수한 이권양도를 강요당하고 있었다. 당시 조선정부는 열강과 다투기보다는 이권을 양도함으로써 정권의 안정을 보장받으려 했고, 왕실은 이권양도의 대가로 왕실의 재정수입을 늘리고자 하였다.

　독립협회는 국내의 산업개발 문제와 외국에 대한 정부의 이권양도 문제에 대하여 경고하였다.

국내에 金 銀 媒鑛 등이 有하면 의당히 自取하여 그 이익함을 得하리니, 하필 외국에 讓하여 窺視하고 流涎케 하여 점점 본국은 日로 빈천케 하고 타인으로 부강케 하리요. 故로 內地 철도 전선과 金 銀 媒鑛 등을 타국인에 借與함은 곧 전국을 타인에게 방매함이요(≪大朝鮮獨立協會會報≫7, 1897년 2월 28일,＜東方各國이 西國工藝를 倣効하는 總說이라＞).

　곧 독립협회 회원들은 국가의 자주독립은 자립경제에 의하여 뒷받침되는 것이며, 국가의 자립경제는 자원과 산업의 자주적 개발에 의하여 이루어지는 것이라 믿고, 국가의 자원과 경제적 이권을 타국에 양도하는 것은 국가자주권의 일부를 양도하는 것으로 간주했던 것이다. 그러므로 그들은 토론회 주제를 “대한국 토지는 선왕의 간신코 크신 업이요 일천 이백만 인구의 사는 땅이니 한 자와 한 치라도 다른 나라 사람에게 빌려주면 이는 곧 선왕의 죄인이요 일천 이백만 동포 형제의 원수임”⁰⁶⁶⁰⁾≪독립신문≫, 1898년 3월 12일, 잡보.이라고 정하여 강력하게 이권양도 반대론을 폈다.

　나아가 러시아공사가 석탄고 설치를 위해 부산의 절영도 조차를 요구해 오고, 정부가 일본의 석탄고 설치의 선례에 따라 이를 허락했을 때, 독립협회는 정부에 강력한 반대 의견을 제시하고, 선례가 된 일본의 석탄고까지 철거토록 요구하여 이를 관철시켰다.⁰⁶⁶¹⁾鄭　喬,≪大韓季年史≫上(國史編纂委員會, 1971), 176∼178쪽. 또한 러시아공사가 군사기지 설치를 위해 목포와 진남포 해역의 28만㎥에 달하는 토지의 매도를 요구해 오고, 정부는 두 항구의 10리 이내를 택하여 조차를 의논하자는 수정안을 제시하였다. 이에 독립협회는 “한 치의 우리 강토도 남에게 넘겨줄 수 없다”고 강력히 반대운동을 벌여 러시아의 토지매도 요구를 좌절시켰다.⁰⁶⁶²⁾鄭　喬,≪大韓季年史≫上, 190∼194쪽.
≪독립신문≫, 1898년 5월 26·28일.
≪舊韓國外交文書≫제17권(고려대 출판부, 1967), 1053호∼1143호의 관련 호 참조.

　한편 프랑스공사가 한국정부에서 이미 약속한 3개 처의 금광 채굴지를 속히 확정해 줄 것을 요구해오자, 독립협회는 “금·은·동·철 등의 각 광산은 우리 나라에 있는 토지이니 우리 인민이 채취하여 스스로 부강책을 기해야 한다”⁰⁶⁶³⁾≪독립신문≫, 1898년 5월 16일, 1면.고 정부에 강력히 건의하여 프랑스의 요구를 좌절시켰다.

　나아가 독립협회는 미국·독일이 차지한 철도·광산·삼림의 이권에도 반대하는 입장에 서게 되었다. 독립협회의 강경파는 1896년부터 1898년 7월까지의 이권양도의 사실을 조사한 결과, 역대의 외교관계자들이 뇌물을 받고 허락한 사실을 밝혀내어 특별회를 열고 전면적인 대책을 세우고자 하였다. 그러나 대외관계의 악화를 우려한 지도부의 만류로 더 문제화되지는 않았다.⁰⁶⁶⁴⁾鄭　喬,≪大韓季年史≫上, 228∼230쪽.

　독립협회 지도부는 이미 열강에 빼앗긴 이권도 외교 경로를 통하여 회수하여 국가의 이권을 지켜야 하지만, 일단 외국과 맺은 조약은 그것이 불평등조약이라도 지켜야 한다고 생각하였다. 그것은 불평등조약을 용인하자는 것이 아니고, 조약 개정에는 양측의 합의가 있어야 하는데, 한국은 힘이 미약하므로 조약 개정 전까지 그 조약을 지켜 신의를 획득함으로써 합의를 이끌어 내야 한다는 현실론에 입각한 것이었다. 독립협회는 당시 조선의 많은 이권이 열강에 양도된 것은 정상적인 외교 경로를 통한 조약에 의해서가 아니고, 국왕과 일부 권력가의 막후 교섭에 의한 것으로 파악하여, 비밀외교를 비판하고 공개외교를 통하여 이권의 상실을 막아야 한다는 주장을 펴기도 하였다.⁰⁶⁶⁵⁾朴性根,＜獨立協會의 思想的 硏究＞(≪李弘稙博士華甲記念論叢≫, 신구문화사, 1969), 455∼456쪽.
愼鏞廈,≪獨立協會硏究≫(일조각, 1976), 153·158쪽.