독립협회는 국민평등권과 국민자유권에 기초하여 國民主權論을 제기하였다.

　독립협회 회원들은 나라라 하는 것은 “백성들이 모두 합심하여, 여러 사람이 의논하여” 만든 것이라 하고,⁰⁷⁰⁷⁾≪독립신문≫, 1897년 4월 17일, 논설. “임금과 정부와 백성이 동심협력하여 나라를 세웠나니”라 하여⁰⁷⁰⁸⁾≪독립신문≫, 1898년 12월 15일,＜민권론＞. 국가의 기원에 대한 계약설 또는 君民合力說을 주장하였다. 이것은 일종의 통치자와 피치자간의 국가계약설을 의미하는 것이다. 그들은 이와 같은 국가계약설에 근거하여 “당초에 나라 생긴 본의는 여러 사람이 의논하여 전국에 있는 인민을 위하여 각색 일을 마련한 것이요, 각색 관원도 백성을 위하여 만든 것이라”⁰⁷⁰⁹⁾≪독립신문≫, 1897년 4월 17일, 논설. “정부가 백성을 말미암아 된 것이오, 백성이 정부를 위하여 난 것은 아니라”⁰⁷¹⁰⁾≪독립신문≫, 1898년 11월 26일,＜유진률 서신＞.고 하여 국가와 정부의 설립 목적이 국민을 위하는 데 있다고 인식하였다.

　그리고 독립협회 회원들은 관민공동회 6차 상소에서, 역시 국가계약설에 근거하여 국민은 국가와 정부의 근원이며, 통치권 곧 주권은 국민으로부터 나온다는 주권재민론을 주장하였다.

대범 나라는 백성으로써 근본을 삼고 님군(임금)은 백성으로써 권을 세워 일백 관원을 베풀었은즉,…무엇이 백성의 權이 방종하고 님군의 權이 작은 것이 있아오리까(≪독립신문≫, 1898년 11월 21일,＜관민공동회 6차 상소＞).

　나아가 그들은 인민은 나라의 ‘주인’이고, 관인은 인민의 ‘사환’이라 하여⁰⁷¹¹⁾≪독립신문≫, 1898년 11월 16일,＜졔손씨 편지＞. 종래 국민에 군림해온 정부관인들을 국민의 고용인으로 위치지우고, “정부에서 벼슬하는 사람은 임금의 신하요 백성의 종이라”⁰⁷¹²⁾≪독립신문≫, 1896년 11월 21일, 논설.하여 국민이 군주에 비하여 상대적 우위에 있음을 천명하였다. 이것은 독립협회가 국민이 국가의 주인이며 국가의 주권자라는 국민주권론을 간접적으로 주장한 것이며, 국왕이 국가의 주인이라는 전통적인 왕조국가 의식을 탈피하여 국가를 국민과 동일시하는 근대적인 국민국가 의식을 드러낸 것이다.

　독립협회 회원들은 국민주권론에 의하여 새로운 애국관을 가지게 되었다. 윤치호는 명치 일본의 놀라운 발전은 일본인의 강력한 애국심에 의한 것이며, 조선의 전통적인 충성이란 군주에 대한 절대적인 충성, 순절적인 충성을 의미하는 것으로, 이것은 진정한 의미의 애국심이 아니라고 보았다.⁰⁷¹³⁾尹致昊,≪尹致昊日記≫ 3, 1894년 9월 18일 및 9월 27일.
≪독립신문≫, 1897년 8월 26일,＜윤치호 연설＞. 독립협회 회원들은 애국심이란 일정한 토지내에서 역사와 전통을 공유하는 국민의 일체감에서 발생되는 자연스런 감정이며 따라서 天賦之性이라 하고, 애국이란 국가의 공익과 동포의 권리를 추구하는 것, 곧 국가와 국민을 위하는 것이라고 간주하였다.⁰⁷¹⁴⁾≪독립신문≫, 1898년 12월 17일,＜나라 사랑하는 논＞. 이처럼 독립협회 회원들은 국왕에 대한 충성을 애국과 동일시하던 전통적인 충군＝애국의 관념과는 다른 차원에서 애국의 대상을 주권자인 국민과 직결시켜 애민＝애국으로 인식하였다. 이것은 국민국가를 애국의 대상으로 삼는 서구 근대사회의 애국개념과 동일한 것이었다.

　독립협회는 새로운 국가관과 새로운 애국관에 의하여 국왕에 대한 새로운 충성관을 가지게 되었다. 독립협회 회원들은 임금과 정부는 백성을 잘 다스리는 것이 임무이며, 백성은 임금을 충성으로 섬기고, 정부 일을 시비 감독하고 도와주어야 한다⁰⁷¹⁵⁾≪독립신문≫, 1897년 4월 17일, 논설.고 전제하고 국왕과 인민의 관계를 善政에 대한 충성이라는 쌍무적 관계로 파악하였다.

군사라 하는 것은…정부보다도 백성을 위하여 만든 것이라, 그 백성을 위하려면 그 백성을 다스리는 님군을 위해야 할 터인즉, 군사의 직무는 백성을 위하려니까 님군께 충신들이 되어야 할 터이요(≪독립신문≫, 1896년 7월 9일, 논설).

　이것은 인민의 국왕에 대한 절대적 충성에서 조건부 충성으로의 충성 개념의 중대한 변화를 의미하며, 공직자는 국가의 주인인 국민에 대한 봉사가 최우선이고 국왕에 대한 충성은 그 수단이라는 엄청난 의식의 변화를 의미한다.

　국민주권론에 의해 새로운 국가관·애국관·충성관을 가진 독립협회 회원들은 국민의 정치적 권리를 주장하였다. 독립협회 회원들은 정부가 애국애민하는지, 또는 옳은 법령을 만드는 지를 감독하는 것이 국민의 직무라 하여⁰⁷¹⁶⁾≪독립신문≫, 1898년 1월 11일, 논설 및 3월 3일,＜대한인민의 직무＞. 국민의 국정감독권을 주장하였다. 그리고 그들은 민권보장과 정치개선을 위하여 인민에게 “두려움 없이 정부를 시시비비하는 권리를 주는 것이 급선무”라고 하여⁰⁷¹⁷⁾≪독립신문≫, 1898년 9월 7일,＜실효가 있을는지＞. 국민의 자유로운 국정비판권을 주장하였다. 나아가 그들은 주권자인 국민의 기본적 권리를 스스로 지키기 위하여 국민이 직접 정치에 참여해야 한다는 생각에서⁰⁷¹⁸⁾≪독립신문≫, 1898년 12월 17일,＜나라 사랑하는 논＞. 국민의 국정참여권을 주장하였다. 이와 같이 독립협회는 국민이 주권을 가진 정치적 주체로 인식했던 것이다.