위의 목적을 달성하기 위하여 국문연구소는 개설(1907년 7월 8일) 며칠 뒤(7월 12일)에 직원들을 임명하였다. 위원장에 尹致旿(학부 학무국장), 위원에 張憲植(학부 편집국장), 李能和(관립한성법어학교장), 玄檃(정3품), 權輔相(내부 서기관), 周時經, 上村正己(학부 사무관)의 6인, 간사에 柳基泳(학부 視學官), 서기에 白萬奭(학부 주사)이 각각 임명되었다. 그 뒤 8월 19일에 학부 편집국장이 갈리어 장헌식이 해임되고 어윤적이 임명되었다. 위의 위원 중 주시경만은 민간인으로서 아무 관직도 없었으니 그가 위원에 임명된 것은 순전히 그의 학자로서의 명망에 의한 것이었음을 알 수 있다. 그리고 일본인 우에무라(上村正己)가 끼어 있는데, 이 무렵에는 이미 우리 나라 정치를 감시하기 위하여 정부 각 기관에 일본인들이 배치되어 있었으니, 국문연구소와 같은 민족주의적인 문화기구에 감시의 눈을 게을리하지 않았음은 이상할 것이 없다고 하겠다. 이 일본인은 실제로 한 번도 연구안을 낸 일이 없다.

　국문연구소가 그 최초의 회의를 가진 것은 그 해 9월 16일이었다. 이 회의에서 연구소의 운영에 관한 전반적인 문제들이 토의된 것으로 추측된다. 그 중에서도 위원의 補選과 ‘국문연구소 규칙’의 작성이 논의된 것 같다. 그 결과 9월 23일자로 李鍾一(정3품), 李億(정3품), 尹敦求(6품), 宋綺用(전 교관), 柳苾根(9품)의 5인이 새로 위원에 임명되었다.

　그런데 위원 속에 정작 지석영의 이름이 보이지 않는다. 지석영이 국문연구소 위원으로 임명된 것은 1908년 1월이었다. 짐작건대 국문연구소가 주로 그의＜신정국문＞을 검토하게 될 것이므로 그를 참여시키지 않기로 했다가 뒤에 그를 참여시키는 것이 오히려 좋다는 결론을 얻게 된 것이 아닌가 한다.

　이 뒤에도 직원의 이동이 있었는데, 1908년 5월에 간사가 된 李敏應(학부서기관)이 6월에 위원을 겸임하게 되었다. 그리고 같은 해 8월에 이억이, 1909년 10월에 현은·이종일·유필근 등이 해임되었다. 이들은 처음부터 별로 열의가 없었던 사람들이었다. 그리하여 마지막까지 남은 사람은 위원장 尹致旿 외에 위원은 魚允迪·李能和·權輔相·周時經·尹敦求·宋綺用·池錫永·李敏應의 8인이었다.

　비록 큰 시대적 사명을 띤 기관이긴 했으나, 처음부터 그 규모가 적었으며 그나마 운영이 순탄치 못했었다. 직원도 위원을 빼고는 모두 학부 사람으로 겸직하게 했으며 비용도 학부에서 임시로 내기로 되어 있었다.

　국문연구소의 운영은 처음 두 번의 회의에서 정한 ‘국문연구소 규칙’에 의하여 행하여졌다. 이에 의하면 회의는 매달 3회 열기로 했으며 그 방법은 다음과 같다.

처음에 위원장이 위원들의 의견을 참작하여 문제를 제출한다. 각 위원이 그 문제에 대해서 연구안을 제출한다. 이것을 등사하여 위원들에게 배부하면 동료 위원들의 의견을 참작하여 다시 자기의 연구안(參互硏究案)을 제출한다. 이 참호연구안에 위원장이 評訂案을 첨부한다. 이것을 전체회의에서 토론하여 출석 3분의 2 이상의 贊票로 의결한다.

　이 방법은 실제로 제1회 문제에 대해서 적용되었으나 너무 번거로워 다소 간소하게 개정되었다. 회의를 매달 2회만 열기로 하고 위원들의 연구안에 대하여 위원장이 지명한 3인이 의안을 작성하여 이것을 가지고 토론하여 다수표로 의결하기로 하였다. 요컨대 회의의 횟수를 줄이고 진도를 빠르게 하려는 의도가 엿보인다.