합방후 조선사회의 유교전통에 대한 일제의 개혁은 더욱 광범하고 본격적으로 전개되었다. 특히 1911년＜朝鮮敎育令＞이 발표되어 교육의 목적을 “교육에 관한 칙령에 입각하여 충량한 국민을 육성하는 것을 본의로 한다”고 제시하며, 보통학교에서 국어교육으로 일본어를 가르치는 것으로 규정하여 일제의 동화정책이 본격적으로 시작되었다. 합방이후 유림의 강력한 저항 양상은 일제가 요구하는 세금을 거부하며, 민적(戶籍)에 등록하기를 거부하는 것으로 나타났다. 당시 유림은 세금납부와 호적등록이 곧 그 백성이 되는 것을 의미한다고 인식하였다. 따라서 그것은 두 임금을 섬기지 않는다는 충절·의리에서 뿐만 아니라, 이민족 지배하의 백성은 곧 노예라는 의미에서 용납될 수 없었다. 1910년 합방직후부터 1918년까지의 토지조사사업으로 기본적 재산권을 약탈당하게 되어서도 유림의 지사들은 일제의 지배를 거부하는 항거를 계속하였다. 또한 전통 교육기관이 폐지되고 총독부가 세운 新制學校가 유교교육을 배제할 뿐만 아니라 식민지화를 통해 민족 전통의 결정적 단절화를 도모하고 있음을 유림은 간파하고 있었다.

　유교에 대한 조선총독부의 제도적 탄압과 동화정책은 교육정책을 통해 가장 광범하게 수행되었다. 본래 유교는 조선사회에서 성균관·향교의 국가교육기구와 서원·서당의 민간교육기구에 기반을 두고 있었던 만큼 일제의 교육정책은 유교 기반을 근본적으로 파괴하고 통제하는 역할을 하였던 것이다. 일제는 먼저 국가교육기관의 중심인 성균관을 폐지하고 1911년 총독부의 식민정책에 부합하는 산하기관으로서 경학원을 천황의 하사금의 명목으로 설립하였으며, 경학원의 설립목적을 “조선총독의 감독에 속하여 경학을 강구하며 風敎德化를 裨補함”이라 규정하여, 조선인의 황국신민화와 충량한 국민화를 계도하는 교화기구로서 역할을 하도록 이끌어갔다. 일제는 경학원을 이용하여 석전제를 대대적으로 거행하여 유교가 총독부체제에 안정적으로 정착하게 하였다. 경학원에 경성 및 지방 13도 강사를 임명하여 강연케 함으로써 식민통치를 정당화하는 데에 활용하였으며,≪經學院雜誌≫를 발간하여 각지에 총독부의 정책을 적극적으로 홍보하도록 하였다. 곧 총독부는 유교의 전통적 교육기능을 단절시키고 총독의 감독하에서 부분적인 제사기능과 강연회를 유지하였다. 일제는 성균관의 교육기관으로서의 기능을 폐지시킨 후에 유교지식인을 배양하여 유교인을 식민체제에 순치시킬 필요에 따라 1930년 明倫學院을 경학원에 부설하여 설치함으로써 이른바 친일조직으로 ‘皇道 유림’을 양성하였다.

　나아가 일제는 유교의 지방조직으로서 향교를 식민지체제에 맞도록 재편하여 유교조직을 통제해갔다. 곧 일제는 합병 이전인 1910년 4월에＜향교재산관리규정＞을 선포하여 향교의 재산관리를 해당 지방의 부윤이나 군수에 소속시키고, 향교재산 수입의 대부분을 지방 공립학교의 경비로 전용하게 하였다. 유림의 불평이 심해지자 총독부는 1920년 향교재산의 학교경비 지출을 중단하고 향교의 재산관리도 유림에서 선발한 掌議가 담당하게 하였으나, 향교재산의 관리와 인원을 행정관청에 귀속시킴으로써 향교조직을 철저히 통제하였다. 이에 따라 향교는 총독부의 정책을 선전하는 사회 교화의 강연장으로 전락했고, 친일유림의 집합장소로 변하여 지조있는 지방유림으로부터 외면당하고, 이에 따라 유림들 사이에 분열의 골이 깊어졌던 것이 사실이다. 또한 일본천황의 은전이라 하여, 1924년의 황태자의 가례식과 1928년의 천황 즉위식에서 薛聰을 비롯하여 문묘에 종향된 조선의 선현 18位에 대해 그 후손의 집안에 제사비용(祭粢料)을 하사함으로써 조선의 유림들을 일제에 순치시켜 갔다.