주세붕이 백운동 서원을 풍기 땅에 세우자, 학문에 뜻을 두었던 지방의 유생들이 모여들었다.

그 후, 벼슬을 그만두고 고향에 내려온 유학자들이 각지에 서원을 많이 세웠다. 서원에는 지난날의 유명한 학자를 모시는 사당이 있고, 그 곳에서 주로 주자학을 연구하였다. 나라에서는 서원에 땅과 책 등을 주어 이를 장려하였다. 그러나, 서원이 지나치게 많아지면서 서로 의견을 달리하여 한때 정치에도 좋지 않은 영향을 끼친 일도 있었다.