조선의 요청을 받아들인 명나라가 임진왜란에 개입하여 그들의 힘을 조선에 쏟는 동안, 이번에는 만주 지방의 여진족이 명나라의 지배로부터 벗어나 후금이라는 나라를 일으켰다. 후금은 조선에 쳐들어왔다가 곧 물러갔다.

그 후, 명나라를 멸망시킨 후금은 나라 이름을 ‘청’으로 바꾸고 조선에 신하의 예를 갖출 것을 요구하였다. 그러나 여진족을 야만족이라고 멸시해 왔던 조선은 그들의 요구를 받아들이지 않았다. 그러자 청나라는 다시 조선에 쳐들어왔는데, 이 전쟁을 ‘병자호란’이라고 한다. 병자호란으로 조선의 백성들은 또 다시 전쟁의 고통을 겪어야 했다.

인조는 한양이 청군에 점령되자 남한산성으로 들어가 청나라에 대항하였으나, 청의 공격을 이기지 못하고 굴욕적인 강화를 맺게 되었다.

병자호란 이후 청나라에 볼모로 잡혀갔던 봉림 대군이 인조의 뒤를 이어 왕위에 올랐는데, 그가 효종이다.

효종은 병자호란의 치욕을 씻기 위해 청나라를 공격하자는 북벌 정책을 추진하였다. 먼저, 군사력을 키우기 위해 군대를 새롭게 편성하고, 이완을 어영대장으로 임명하여 군사를 훈련시키는 등 북벌을 위한 준비를 서둘렀다. 그러나 청나라가 강력한 군사력을 유지하고 있어 실천에 옮기지는 못했다.