임진란 후 모든 것을 다시 정비하며 부흥책을 쓰게 되었다. 관제에 최고 정무기관(政務機關)이었던 비변사는 대변란을 당하여 군무 다단하자, 내용의 충실을 기하고, 문무관의 유력한 당상관들은 모두 비변사의 관을 겸하여, 일체의 국무를 협의하였으니, 의정부에서 차츰 실권이 옮기어 갔다. 숙종(肅宗) 39년(1713)에는 8도의 사무까지 비변사로 옮기게 되어, 군무와 정무는 완전히 이에서 협의하였다. 그 회의처(會議處)는 빈청(賓廳)이라 하고, 기일을 정하고 정례 회의를 하였다. 더욱 임진란과 병자란(丙子亂, 仁祖 14年, 1636)을 계기로 문란해진 세제(稅制)를 긴급히 정비하게 되었다. 인조 12년(1634)에는 전제를 개혁하고 토지를 개량(改量, 再測量)하고, 일정률(一定率)의 징수를 하였으나, 백성의 궁핍으로 수기수세법(隨起收稅法)을 다시 세웠다. 공부(貢賦) 제도는 전세(田稅)와 같이 정률에 따라 수미(收米)하였다. 이것은 조선 초기부터 농상(農桑)과 기타 토산물을 바치던 것을, 율을 정하여 쌀로 바치며, 국가에서는 수납(收納)된 쌀로 물품을 사게 하는 법이다. 먼저 율곡이 주장하더니, 임진란으로 실행 못되었으나, 광해군(光海君)에서 인조 사이에 경기도에서부터 차츰 다른 도(道)에 시행하였으니, 이것을 대동법(大同法)이라 하며, 효종 원년(1650)에는 김육의 대동절목(大同節目)에 따라 선혜청(宣惠廳)을 두어, 각 지방에서 대동미(大同米)를 수집 저장케 되니, 각 지방의 연락은 국내 상업 발달을 촉진시키었으며, 이어 조운(漕運) 정책도 확립되었다. 재정과 관계 깊은 군역(軍役)은 농민이 하고, 승려에 승역(僧役)이 있으며, 천민⋅노비에도 군역이 있었으나, 포백(布帛)을 납입하여 대신 사람을 사서 쓰게 되었다. 임진란 후 양병(養兵)의 필요에 따라 이 징수(徵收)가 확대되자, 백성이 곤난하매 매호에 호포(戶布)를 받았고, 영조 26년(1750)에 균역청(均役廳)을 두고, 부역(賦役)제도를 정비하여, 군대의 복무와 부역(賦役) 대신에 포목을 바치게 하였으니, 이것은 군포세(軍布稅)요, 다시 군포를 줄이고, 인두세(人頭稅)로써 결전(結錢, 結作)을 받게 되었다. 그러나, 영조 50년에는 천인들의 군포세는 폐지되었다. 겸하여 군제를 보면 또 선조 26년(1593)에 처음 둔 훈련도감(訓練都監)에서는 삼수미(三手米)⋅삼수량(三手糧)이라는 세(稅)를 받아, 포수(砲手)⋅사수(射手)⋅살수(殺手) 양성에 썼다. 인조 9년에는 포병대(砲兵隊)로서 어영청(御營廳)을 두었다. 세법의 변화로 국가에서 대동미를 받아들이며, 이에 국가에서 쓰는 물품을 공납(供納)하는 상인들이 생겼으니, 그들을 공주인(貢主人)이라 함에 서울은 경주인(京主人), 경공인(京貢人)이라 하고, 지방은 영주인(營主人)이라 하였다. 그리고 이것이 상업을 촉진시키어 서울⋅개성과 평양 등 도시에는 상가의 발전을 보이고, 전국에 보부상(褓負商)이 국내 시장을 연락하였으니, 정조 때에는 1064의 군소 시장이 생기었다. 각 시장에서는 상품의 위탁, 밑천의 융통, 행상인들의 숙박을 겸하여 돌보아 주는 객주(客主)가 번성하고, 매매의 흥정을 붙이는 거간(居間)들이 활동하였다.

그러나 호포의 징세는 농민들의 부담을 더하게 하였고, 또 국가에서 징세하는 데는 호구(戶口)에 대한 정비가 필요하였으나, 이것이 끝내 제대로 이루어지지 않아서 포(布)가 문란하여졌으니, 지방의 양반⋅토호들은 자기 농토의 경작자를 면세케 하며, 탈세자의 수가 늘어갔으며, 중앙의 정치가 문란하고 지방의 관리⋅아전들이 간악해지자, 그들은 죽은 사람과 갓난아이 또는 뱃속의 아이까지에 병역 대역세(代役稅)인 군포를 강제로 받았다. 이런 것을 백골(白骨)⋅황구(黃口)의 징포(徵布)라고 하였다. 이렇게 악화하여지는 징포의 대상은 무력하고 구차한 농민이 대상이었다. 또 지방의 관리⋅아전들의 부패로 사창미(社倉米)의 농간이 심하여 환곡(還穀)은 겨(糠)와 모래를 섞기까지 하며, 이런 일은 곧 중앙의 왕실⋅정부 재정을 위협하는 것이어서 관기(官紀)를 바로 잡기 위하여 국왕 직속의 암행어사(暗行御史)를 보내서 여러 가지 폐단을 바로 잡으려 하였으나, 또 편색(偏色, 黨派) 관계로 엄정히 행사도 못하였으매 문란해가고 쇠퇴하는 이 사회를 바로 잡기 어려웠다.

또 피폐한 산업의 부흥을 꾀하였으니, 영조 6년(1730)에는 비변사 안에 제언사(堤堰司)를 두고, 전국의 저수지를 수축하게 하고, 정조 2년(1778)에는 제언절목(堤堰節目)을 반포(頒布)하여, 저수지 수축을 독려하였다. 특히 홍주(洪州, 忠淸道) 합덕지(合德池)와 김제(金堤)의 벽골제(碧骨堤)를 수축하여 크게 이용하였다.

이 때는 국내 경제 사정이 변하고 있어 여러 관료들이 전폐(錢幣)를 논하였으니, 17세기 초엽에는 이덕형(李德馨) 등이 통화(通貨) 주조를 주장하였다. 인조 3년(1625) 김신국(金藎國)의 의견에 따라 역원(驛院) 주점에서 새로 만든 돈을 통용케 하였고, 인조 12년(1634) 상평청(常平廳)을 두고 상평통보(常平通寶)를 만들어 사용케 하였으나, 중간에 재료 부족으로 중지하고 한편 중국 돈을 들여 왔다. 이에 사주전(私鑄錢)도 나왔으니, 재정정책이 사회 실정에 맞지 않는 점도 있었으며, 국내 상업의 진전은 곧 통화를 필요하도록까지 그 사용에 단속(斷續)이 있었다. 효종 2년(1651)에는 김육이 주장하여 상평통보를 서울과 서북 지방에서 쓰게 하였으나, 역시 5년 뒤에 폐지 되었더니, 숙종 4년(1678)에 허적(許積)의 의견으로 다시 다량으로 상평통보를 주조하여 일반에게 보급시키었다.

그리고 국내의 상업 발달과 국제 무역에 따라, 일부 궁정을 중심한 양반들의 생활은 호화로운 면도 지니며 향상되었고, 또 시정의 상인들도 생활의 향상이 있었다.