미나모토 집안의 무인 정권을 이은 아시카가 씨의 막부 정권이 14세기에서 16세기 중기까지 계속되어 정권은 안정되었으나, 통제력이 약하여 15세기 후반부터 약 1세기 동안 전국 시대의 혼란에 빠지게 되었다. 그 뒤 이러한 혼란을 토요토미 히데요시가 평정하였다.

토요토미가 죽은 뒤, 토쿠가와 이에야스가 정권을 잡고, 에도(오늘의 토오쿄오)에 막부를 설치하여(1603) 약 2세기 반 동안 봉건 정치를 실시하였다. 표면상으로는 일본 전국을 200여 명의 영주에게 분봉하여 각각 독립된 정치를 하게 하였지만, 실제로는 교묘한 방법으로 중앙 집권의 효과를 거두었다.

이 무렵의 일본 사회는 영주 단위의 행정 구획이 있어서 독자적인 발달을 하였다. 신분은 사, 농, 공, 상이라는 중국적인 표현이 적용되었지만, 상공업이 발달하여 상인 계층인 상인의 활동이 활발해져서 실질적인 순서는 뒤바뀌어 있었다.

학문도 상인층에서 담당하였다. 주자학이 막부의 공인된 학문이었고, 이 주자학이 일본에 뿌리를 박는 과정에서는 조선 중기의 이황(퇴계)의 영향이 컸다. 일본에서는 주자학 이외에도 양명학이 크게 융성하였는데, 이는 학문과 사상이 정치와 직결되어 있지 않았다는 데에도 이유가 있었겠지만, 피지배층인 상인의 자유스런 여건에도 그 원인이 있었다. 일반 민중들 사이에서는 불교가 성행했지만, 전국 시대부터 유행되기 시작한 크리스트 교도 막부의 가혹한 탄압을 받으면서 전교되어 갔다. 일본이 쇄국 정책을 쓰게 된 것도 이것에 연유함이 적지 않다.