이자겸의 난과 묘청의 서경 천도 운동은 진압되었으나, 문신 중심의 정치는 여전히 많은 문제점을 지니고 있었다. 무신들은 오랫동안 계속되어 온 차별 대우와 문신 위주의 정치에 대해 불만을 품고 있었다. 그리고 낮은 대우와 각종 잡역에 시달린 하층 군인들의 불만도 컸다.

인종의 뒤를 이은 의종은 왕실의 권위를 회복하고 왕권을 강화하기 위해 여러 가지 시책을 폈다. 이로 인해 국왕과 문신들 사이에 정치적인 갈등이 자주 일어났다.

의종은 문신 세력의 견제로 자신의 뜻을 제대로 펴지 못하고, 말년에는 측근들에 의지해서 왕권을 겨우 유지하였다. 정치에 뜻을 잃은 의종은 놀이와 연회를 위해 별궁과 정자를 지었고, 백성들은 이를 위한 공사에 동원되어 노역에 시달렸다.

의종이 개경 부근의 보현원에서 놀이를 즐길 때를 이용하여 정중부, 이의방 등의 무신들이 마침내 정변을 일으켰다(1170). 정중부 등은 문신들을 제거하고 의종을 귀양 보낸 다음 정권을 독점하였다.

무신들이 권력을 장악하자 김보당 등 일부 문신 세력이 의종을 복위시키려고 봉기했으나 실패하여, 도리어 의종과 많은 문신들이 살해되었다. 그 후, 무신들 사이에 내분이 일어나 정중부가 피살되고, 경대승, 이의민이 차례로 무신 정권의 최고 권력자가 되었다.