수군이 승리를 거두고 의병의 활동이 활발하게 전개될 무렵, 명의 원군까지 도착하여 조선은 왜군에 반격을 가하게 되었다. 이 때 김시민은 진주에서, 권율은 행주 산성에서 큰 승리를 거두었다.

이에, 경상도 해안 지방으로 밀려났던 왜군은 전열을 가다듬기 위해 휴전을 제의하였다. 그러나 3년간을 끌어 오던 화의 교섭이 실패하자, 왜군은 다시 공격해 왔다(정유재란, 1597).

임진년과 달리 이번에는 조선군도 군비를 잘 갖추고 명군과 협조하여 왜군을 쉽게 물리칠 수 있었다. 또, 물러났던 이순신이 다시 기용되어 명량에서 왜군을 대파하였다.

마침 도요토미가 사망하고 전세도 불리해지자 왜군은 철수하기 시작하였다. 이 때 이순신은 퇴각하는 왜군을 노량에서 격멸하였으나, 적의 유탄에 맞아 장렬하게 전사하였다. 이로써 7년에 걸친 전쟁은 끝이 났다.