갑오개혁은 제대로 시행되지 못하였다. 이는 정치적, 사회적 불안과 일본의 침략적인 간섭에 대한 국민들의 반감이 컸기 때문이다. 그리고 군국기무처가 존속한 5개월 정도의 짧은 기간에 200건이 넘는 많은 개혁안이 발표되어 제대로 실시되기가 어려웠다.

그리고 우리 현실을 충분히 고려하지 않은 채 서양과 일본에 맞추어 제도를 근대적으로 개혁하려고 했던 한계를 가지고 있었다. 무엇보다 국방의 강화를 위한 군사 제도의 개혁을 소홀히 하였고, 일본의 조선 침략에 유리한 내용이 담겨 있었던 것도 문제였다. 또, 농민들이 절실하게 원하고 있던 토지 제도의 개혁 등이 포함되지 않아 농민들로부터 외면당하였다.