다음 해(1906)에 일본(日本)이 통감부(統監府)를 경성(京城)에 두었고, 외사국(外事局)은 의정부(議政府)에, 상무국(商務局)은 농상공부(農商工部)에 귀속하였다. 일 공사(日公使) 하야시 곤스케[林權助]가 조선으로 돌아왔다.

3월에 통감 이토 히로부미[伊藤博文]가 경성에 왔다. 전(前) 참판(參判) 민종식(閔宗植)이 일본인을 배척하여 스스로를 의병장이라 칭하고 홍주성(洪州城)을 점거하였다가 일본군에 패하여 체포되었다. 전 찬정(贊政) 최익현(崔益鉉)이 민병을 모집하다가 잡혀 쓰시마 섬[對馬島]에 [유배되었다] 사망하였다. 진해만(鎭海灣)과 영흥만(永興灣)을 일본의 군항(軍港)으로 조차하였다. 이세직(李世稙)의 옥사가 일어났다. 이세직이 외국과 몰래 국서(國書)를 주고받았기 때문이다. 일본 대사(日本大使) 다타카[田中]가 풍덕군(豊德郡)에 있던 30여 층(層) 높이의 경천탑(擎天塔)을 옮겼다.¹⁾국보 제86호 경천사 10층 석탑을 말한다. 30여 층이라고 한 것은 저자의 착오인 듯 보인다. 전 주서(注書) 나인영(羅寅永), 오기호(吳基鎬), 김인식(金寅植) 등이 5명의 대신【외부대신(外部大臣) 박제순(朴齊純), 학부대신(學部大臣) 이완용(李完用), 내부대신(內部大臣) 이지용(李址鎔), 군부대신(軍部大臣) 이근택(李根澤), 농상공부대신(農商工部大臣) 권중현(權重顯)】을 죽이려고 모의하였으나 이루지 못하고 평리원(平理院, 대한 제국 때 재판을 맡은 관아)에 자수하였다.

5월에 총리대신(總理大臣)에 이완용을, 내부대신에 임선준(任善準)을, 군부대신에 이병무(李秉武)를, 학부대신에 이재곤(李載崑)을, 탁지대신(度支大臣)에 고영희(高永喜)를, 법부대신(法部大臣)에 조중응(趙重應)을, 농상공부대신에 송병준(宋秉畯)을 임명하였다.

6월에 위원(委員) 이상설(李相卨), 이준(李儁), 이위종(李瑋鍾)이 네덜란드[和蘭] 헤이그[海牙府]에서 열리는 만국 화평 회의(萬國和平會議)에 갔으나 참여하지 못하였다. 이준이 충성심과 공분을 이기지 못하고 자결하였다. 그가 자결하며 만국의 사신들 앞에 더운 피를 일쇄(一灑)하여 만국을 놀라게 하였다.

7월 19일에 일본 외무대신(外務大臣) 하야시 다다스[林董]가 경성에 왔다. 각 대신 및 일진회(一進會) 회원이 나가 맞이하였다. 상이 황태자에게 전위(傳位)하셨다. 24일에 각 대신이 이토 히로부미, 하세가와 요시미치[長谷川好道], 하야시 다다스 등과 회동하여 다음과 같은 신협약(新協約)에 조인하였다. 제1조는 한국 정부(韓國政府)는 시정(施政) 개선에 관하여 통감의 지도를 받을 것, 제2조는 한국 정부의 법령 제정 및 중요한 행정상의 처분은 미리 통감의 승인을 거칠 것, 제3조는 한국의 사법 사무는 보통 행정 사무와 이를 구분할 것, 제4조는 관리의 임명과 면직은 통감의 동의를 얻어 행할 것, 제5조는 정부는 통감이 추천하는 일본인을 한국 관리로 임명할 것, 제6조는 한국 정부는 통감의 동의 없이 외국인을 초빙하지 말 것, 제7조는 메이지[明治] 37년(1904) 8월 22일 조인한 한일 협약 제1항을 폐지할 것 등이었다. 이는 곧 재정 고문(財政顧問)을 초빙하던 것을 폐지하고 일본인을 각부(各部) 장관(長官)에 임명하도록 하는 것이었다. 7월 30일에 군대를 1대(隊)만 존치하고 나머지 군대를 해산하게 하였다. 제1대 대장(第一大隊長) 박성환(朴星煥)이 스스로 목을 베어 자결하니 병사들이 일본군과 격전(激戰)하였고, 사방에 흩어진 군인들과 도적들도 의병(義兵)이라 자칭하면서 소요를 일으켰다.