금나라는 조선이 몰래 명나라를 지원하는 것에 원한을 품고, 조선에서 투항해온 장수를 안내자로 삼아 장수를 파견하여 공격했다. 이때가 인조 5년 【정묘년】 이다. 왕은 한때 강화도로 피신했지만, 곧 금나라와 화의를 맺고 형제의 나라가 되어 서로 배신하지 않기로 서약했다. 그 후 10년 동안 금나라는 그 세력이 점차 강성해져, 금나라 군주는 스스로 황제라고 칭하고 국호를 청(淸)으로 고쳤으며, 나아가 명나라를 정벌하기로 하고 먼저 조선을 복속시키려고 했다. 조선은 이에 따르지 않았다. 그러자 청나라의 태종(太宗)은 스스로 군대 10만 명을 이끌고 와서 공격했다. 인조는 왕자 등을 강화에 보내고 스스로 세자와 함께 남한산성(南漢山城) 【경기도 광주】 으로 들어갔으므로 태종은 나아가 남한산성을 포위했다. 이때가 인조 14년 【병자년】이다.