태종 2년에, 서울 이외의 70개 절 이외의 절들의 전조(田租)는 영구히 군자(軍資)에 제공하고, 노비는 여러 관청에 나누어 소속시키도록 하였다. 이어서 왕은 전국적으로 존치(存置)할 사찰(寺刹)로 모두 242개를 선정하였으며, 또한 당시 존재하던 11개의 불교 종파를 조계(曹溪), 【임제(臨濟)를 포함한다.】 화엄(華嚴), 자은(慈恩), 중신(中神), 총남(摠南), 시흥(始興), 천대(天臺) 등 일곱 종파로 폐합하였다. 세종이 후사(後嗣)로 정해지자, 다시 이 일곱 종파 중 조계, 천대, 총남의 세 종파를 합쳐 선종(禪宗)이라 하고, 화엄, 자은, 중신, 시흥의 네 종파를 합쳐 교종(敎宗)이라고 하였으며, 유서 깊은 사찰 36곳을 선정하여 선종과 교종의 두 종파에 나누어 소속시키고, 각 절들에 거주하는 승려들의 수를 참작하여 토지를 나누어주었다. 이때부터 조선의 불교는 단지 선종과 교종의 두 파가 되었다. 이것이 세종 6년 4월의 일이다. 그러나 제7대 세조는 불교를 좋아하여 간경도감(刊經都監)을 설치하여 경론(經論)을 간행하였는가 하면, 사찰을 중건(重建)하기도 하였다. 저 원각사(圓覺社)와 같은 것은 바로 세조 때 지은 것이다. 【제3과 비고 「원각사(圓覺寺)」 참조】 또 세조 때 편찬한 『경국대전(經國大典)』 중에는 분명히 도승(度僧) 제도를 인정하였으며, 문무과(文武科)를 본떠 새로 승과(승과)를 설치하고, 3년마다 한 번씩 승려를 시험으로 선발하였다. 예종(睿宗) 【제8대】 이후로는 사원의 새로운 창립을 금지하였지만, 옛터에 고쳐 짓는 것이 여전히 적지 않았다. 다음 왕인 성종(成宗)은 승려를 매우 싫어하여 승려에게 도첩을 발행하는 것을 엄격히 금지하고 승려와 비구니를 환속시켰다.

연산군(燕山君) 【제10대】 때에는 도성 안의 사찰을 모두 폐지하여 공공기관들에게 나누어 주었고, 중종(中宗) 【제11대】 7년에는 마침내 원각사를 헐고 그 자재들을 부근의 민가(民家)들에게 주었다. 그러므로 승과(僧科) 같은 것도 중종 때부터 자연히 중단되어 폐지되었다.