이때 예조판서(禮曹判書) 남곤(南袞), 도총관(都摠管) 심정(沈貞) 등은 항상 사림들에게 배척받아 일선에서 물러나자 몰래 보복의 기회를 노리고 있었다. 중종 14년 【기묘년】 10월에 조광조는 임금에게 아뢰어 연산군 폐위 때 정국공신(靖國功臣) 중에서 공훈이 남발되어 공신이 된 자들은 그 직위를 박탈할 것을 청원하여 76명을 삭탈하였으므로, 여러 훈신(勳臣)들이 크게 두려워하여 무리지어 원망하며 분기하였다. 남곤 등은 이 기회를 틈타 임금에게 조광조 등을 탄핵하였다. 왕은 탄핵을 받아들여 조광조와 그 무리들을 체포하고, 조광조를 능주(綾州) 【전라남도】 로 유배시켰지만 후에 사약을 내렸으며, 나머지 무리는 모두 파면하여 귀양 보냈다. 이를 기묘사화(己卯士禍)라고 한다. 그러나 그 후 조정의 선비들 간에 투쟁하고 배척하던 것은 마침내 확대되어 외척들 간의 권력투쟁과 서로 뒤섞여 사태는 점점 더 복잡해졌다.