효종이 세상을 떠나고 현종(顯宗) 【제18대】 과 숙종(肅宗) 【제19대】 이 연달아 즉위하자, 당쟁은 매우 복잡하게 뒤얽혀 두 왕이 재위한 기간에 서인과 남인의 두 파가 1승 1패로 맹렬히 다투었다. 숙종이 즉위한 초기에는 남인이 세력을 얻어, 서인의 영수(領袖)인 송시열은 마침내 관작(官爵)을 삭탈당하고 장기(長鬐) 【경상북도】 로 유배되었다. 그러나 숙종 6년에, 남인이 모반을 기도한 일이 있었으므로, 대대적으로 몰아내는 【이른바 경신대출척(庚申大黜陟)】 을 단행하여, 서인이 다시 잃어버린 세력을 만회하였다. 송시열은 다시 조정으로 돌아왔으며, 대로(大老)라고 불리며 한 시대에 명망이 그에게 쏠렸지만, 이 무렵부터 이미 서인들 가운데 소장파는 선배들에게 복종하지 않고 점차 분리되는 경향이 생겨났다.