순조(純祖) 【제23대】 원년 신유년(辛酉年) 【서기 1801년】 에 신자의 한 사람인 황사영(黃嗣永)이 체포되었는데, 서양의 여러 나라들과 통하면서 그들의 군사력을 빌리려는 계책이 있음이 발각되었다. 그때부터 정부는 대대적으로 교도(敎徒)들을 검거하였고, 귀천(貴賤), 노소(老少), 남녀(男女)들이 빈번히 포박, 고문, 유배, 살육을 당하여 그 수가 50~60명에 이르렀다. 이를 신유(辛酉)의 옥(獄)이라고 한다. 이때 주문모도 역시 체포되었는데 교도들의 거물 수괴라고 하여 살육된 후 효수(梟首)되었다. 황사영과 황심(黃沁) 【황사영의 일파】 두 사람은 능지처참(陵遲處斬) 【머리·몸통·손·발을 찢어 죽이는 극형】 을 당하였고, 이승훈(李承薰), 정약종(丁若鍾), 이가환(李家煥) 등도 역시 참살되었다. 정약종은 열렬한 신도였으므로 이때 그의 형 정약전(丁若銓)과 정약용(丁若鏞) 두 사람도 역시 유배에 처해졌는데, 그중 정약용은 유명한 학자였다. 이가환은 문예(文藝)에 뛰어나 이승훈이 중국에서 가져온 서적들을 언문(諺文)으로 번역하여 널리 보급한 사람이다. 당시 천주교를 믿어 형벌을 받은 사람은 대다수가 남인파(南人派)에 속하였다는 것은 주의할 만한 것이다.