이들 선교사들은 모두 정하상의 집에서 잇따라 숨어 지내면서 은밀하게 포교에 종사하였는데, 헌종 【제24대】 5년 기해년 【서기 1839년】 에 그 꼬투리가 발각되어 모두 체포되고, 세 명의 선교사들을 맞이한 유진길, 정하상, 조신철 등도 검거되었다. 얼마 지나지 않아 세 선교사들은 모두 살육되어 효수(梟首)되고, 선교사를 맞이한 세 명의 신도들도 역시 참수되었으며 그 가산(家産)을 몰수당하였다. 이것은 실로 신유사옥에 이은 큰 타격이었다. 이와 동시에 국왕은 척사윤음(斥邪綸音)을 내려 국민을 타일렀으며, 또한 신유년(辛酉年) 무렵부터 시행된 오가통제(五家統制)를 강력히 시행하여, 서로 경계하게 하고 그 종교에 감염되는 자는 죄를 조사하여 밝히도록 하였다. 이후에도 많은 교도들을 추방하거나 살육하였으므로 그 숫자는 한때 크게 감소하였다.

철종(哲宗) 【제25대】 이 즉위하고 재위한 14년 동안 국내는 무사하였지만, 기강이 크게 이완되어 서교(西敎)에 대한 단속도 점차 관대해졌다. 선교사 메스트르, 【Maistre】 베르뇌, 【Berneux】 오메트르 【Aumaitre】 등이 이어서 입국하여 포교에 종사하자, 교도의 수는 다시 증가하여 거의 전국에 골고루 퍼지게 되었다. 【이하 제 과 비고 참조】