이리하여 우리나라[일본]는 청나라가 조선의 안녕과 질서를 원치 않고, 시폐(時弊)의 개혁에 성의가 없다는 것을 인정하고, 독자적 힘으로 이에 나서기로 결정하였다. 7월 3일에 오토리(大鳥) 공사에게 명하여 혁폐시의(革弊時宜) 5조(條)를 조선 정부에 제출하고 그들의 반성을 요구하였다. 그 주요 내용은 다음과 같다.

(1) 제도를 개혁하고 인재를 선발할 것.

(2) 재정(財政)을 정리하고 부과(賦課)의 균등을 기할 것.

(3) 재판을 공정하게 하여 사법(司法)의 위엄을 지킬 것.

(4) 국방과 경찰을 충실히 하여 국내의 안녕을 유지할 것.

(5) 학제(學制)를 완비(完備)하여 인재의 양성에 힘쓸 것.

국왕은 이에 조서를 발표하여, 폐정(廢政)의 개혁을 알렸으며, 또한 이혁국(釐革局)을 설치하고, 내무부(內務府) 독판(督辨) 신정희(申正熙), 협판(協辨) 김종한(金宗漢)·조인승(曹寅承) 등 세 사람을 위원으로 임명하여, 혁폐시의(革弊時宜) 5조(條)의 조사를 명하였다. 위원은 15일에 오토리 공사와 경성(京城)의 노인정(老人亭)에서 회합하였다. 그러나 정부는 여전히 청나라의 위세를 두려워하여 아직 확답을 하지 못하였다. 이때 오랫동안 조선에 위세를 떨치던 청나라 주재관 원세개(袁世凱)는 시국이 날로 잘못되어 가는 것을 보고, 19일에 몰래 인천으로 가서 청나라 군함 양위호(揚威號)를 타고 귀국하였다. 이는 청나라 정부의 소환 전보를 받았기 때문이라고 한다. 오토리 공사는 다시 20일에 청나라와 조선의 현행 조약 가운데 조선의 체면을 손상시키는 것을 파기하고, 또 속국 보호라는 명분하에 파견되었던 청나라 군대를 몰아내어, 독립국의 체면을 유지해야 한다고 권고하였다. 조선 국왕은 나라의 운명이 매우 어렵고 안팎으로 많은 일들이 있는 것을 보면서 깊이 우려하였으며, 개화당 사람들은 이 기회에 편승하여 오랫동안 정권을 농단하던 사대당을 제거하고, 대대적인 국정 개혁을 단행하였다. 23일에 오토리 공사는 개화당의 요청에 따라 병력 2개 대대를 이끌고 들어가 왕궁의 안팎을 보호하였으며, 우리 군대는 사대당 사람들이라 할지라도 엄중히 그들을 보호하여 해를 입지 않게 하였다. 대원군은 왕명에 따라 궁궐에 들어가 개화당 사람들과 국사를 논의하였다. 때문에 왕은 오토리 공사에게 폐정 개혁을 부탁한다는 교서(敎書)를 발표하여, 25일부로 청나라와의 각종 조약들을 파기한다고 선언하였으며, 또한 청나라 군대의 철퇴(撤退)를 오토리 공사에게 위임하였다.