메이지 29년 【개국 505년】 에 내각(內閣) 관제를 폐지하고, 의정부를 복구하여 그 관제를 발포한 이후, 약간의 개정이 있었다. 통감부 설치 후에, 메이지 40년 6월에 의정부를 폐지하고, 다시 내각 관제를 제정하여, 내각은 국무대신(國務大臣) 즉 내각총리대신(內閣總理大臣) 및 행정 각 부(部) 대신으로 조직되었다. 【제13과 비고 7 「일한협약 체결 후의 정세」 참조】 행정 각 부란 내부(內部), 도지부(度支部), 군부(軍部), 법부(法部), 학부(學部) 및 농상공부(農商工部)를 가리키며, 각 부 대신의 밑에 차관(次官), 서기관(書記官) 등의 관직을 두었다. 메이지 40년 일한신협약에 기초하여, 일본인을 한국 관리에 임용하기로 하였으며, 궁내부(宮內府)와 각 부의 차관 【군부는 제외】 은 모두 일본인으로 임명하여 더욱 시정 개선의 결실을 거두려고 노력하였다.