앞서 심유경이 제창한 화의에 대하여 조선 측에서는 대개 반대의 의사를 표하였으나 명나라 조정에서는 이를 지지하여 이후 2, 3년 간 교섭의 사절이 오고 갔다. 그러나 명으로부터 풍신수길을 일본 국왕에 봉한다는 국서가 전달되자 풍신수길은 비로소 심유경의 술책에 속은 것을 깨닫고 드디어 두 번째 침략을 결행하였다. 【두 번째 침략】 즉 풍신수길은 선조 30년 정유년에 다시 소서행장, 가등청정에게 14만의 군을 이끌고 조선에 쳐들어와 앞서 남해안에 쌓았던 여러 옛 보루에 웅거하게 하였다. 그리하여 왜군은 북쪽으로 직산(충청도), 서쪽으로 남원(전라도)까지 침범하였는데, 명의 원군이 또 와서 우리 군과 협력하여 적을 막아 남쪽으로 쫓았다.

【이순신의 파면과 재기용】 그러나 이때 왜의 수군은 자못 활발한 행동을 취하였다. 그것은 이순신 장군이 적의 반목과 그를 미워하는 자의 참소로 인하여 그간 통제사의 자리를 파면당하고 (뿐만 아니라 거의 극형에 처해질 뻔하다가 일등을 감하였고) 그를 시기하던 원균이 대신 통제사가 되어 적의 꼬임에 빠져 싸움에 대패하였던 까닭이다.

조정에서는 이에 이순신을 다시 등용하여 통제사로 삼으니 이순신은 원균 패전 후의 악조건을 무릅쓰고 간신히 남은 전함과 병졸을 거두어 서해로 통하려는 적의 대군을 【명량대첩】 명량(진도) 해상에서 맞이하여 거의 여지없이 쳐부수어 적의 기세를 크게 꺾었다. 또 명의 수군제독 진린과 연합하여 적을 고금도(강진의 남쪽)에서 대파하였다.

육전에서도 명의 원군이 관군과 더불어 남방 도처에서 적과 교전하는 동안에 적군 측에는 큰 변동이 생겼다. 그것은 무술년 8월에 왜란의 장본인인 풍신수길이 병들어 죽으며 유명으로 군사를 철퇴하게 한 사실이었다. 이로 인하여 왜군이 차례로 물러가려 하자 이순신은 이 틈을 타서 철퇴하는 왜군을 섬멸하려 하여 노량(남해도와 하동 사이) 해상에서 적의 대부대와 어울려 싸우다가 불행히도 적의 유탄에 맞아 장렬한 최후를 마치었다. 때는 무술년 11월 19일이니 이순신의 나이 54세였다.

이순신은 처음부터 끝까지 잘 싸워 적은 병력으로 능히 적의 대군을 여러 번 쳐 깨뜨렸으니, 오직 나라를 위하는 그 지극한 정성, 숭고한 인격, 위대한 통솔, 지휘력 그리고 그 신묘한 전략은 모두 세계 해전사상에 유례가 드문 것이다. 이 싸움에서 왜의 수군은 드디어 패하여 돌아가고 그 육군도 죄다 철수하여 돌아가고 말았다.