선조께서 재위하신 지 41년(1608) 되는 해에 돌아가시고 둘째 아들 광해군 이혼(李琿)이 즉위하니, 선조께서도 그의 끝이 좋지 못할 것을 아셨다. 돌아가실 적에 선조께서 유조(遺詔)를 내리시고자 하여 대신을 부르시니 이원익(李元翼), 이덕형(李德馨), 이항복(李恒福) 등이 들어갔으나 이미 돌아가셨다. 이때 광해군은 동궁이 되었으나 선조께서 원래부터 기뻐하지 않으셨다. 또 말년에 영창 대군(永昌大君) 이의(李㼁)가 태어난 까닭에 유영경(柳永慶)은 이의를 도와 즉위시키고자 하였다. 또 이이첨(李爾瞻), 정인홍(鄭仁弘)은 이미 배척되어 선조를 원망하다가 이산해(李山海)와 모의하여 임금의 자리를 광해군에게 전하고자 하니, 선조가 노하여 이들을 유배하였다. 얼마 지나지 않아 왕이 갑자기 돌아가시어 이이첨과 정인홍이 유배지에 가기도 전에 사면되니 세상 사람이 왕이 독약을 먹었다고 하였다.