처음에는 서인(西人)이 세력을 얻었으니, 즉 박순(朴淳)은 영의정(領議政)이고 이이(李珥)는 병조 판서(兵曹判書) 및 이조 판서(吏曹判書)였다. 이들은 자못 중립을 주창하였으나 실제로는 서인을 도왔다. 그 후에는 동인(東人)이 가장 성하였다. 당시 정여립(鄭汝立)은 이이를 스승으로 섬겨 서인이 되었다가 후에 동인으로 들어가 반역으로 죽으니 동인의 세력이 점차 줄었다. 그 후 동인이 또 나뉘어 남인, 북인이 되고 서로 알력하였다. 임진왜란(壬辰倭亂)이 끝나고 외환(外患)이 점차 느슨해진 후에 분쟁은 더욱 심해졌다.