이에 일본(日本)은 조선(朝鮮)이 청(淸)나라의 속국이 아니라고 답하고, 일본 또한 조선에 출병하였다. 이때 동학당(東學黨)이 청나라와 일본의 대군이 온다는 소식을 듣고 크게 두려워하여 무너져 흩어지니 전주(全州)가 회복되었다. 그러나 대체로 동학당이 일어난 것은 폐정(弊政)에서 연유하였으므로 만일 폐정을 혁신하지 않으면 화란(禍亂)이 끊이지 않을 것이었다. 이에 일본이 청나라에 권하여 조선의 내정을 개혁하고자 하였으나 청나라가 듣지 않았다. 일본 공사(日本公使) 오토리 게이스케[大鳥圭介]가 개혁안 5개 조를 조선에 권고하니 조정의 논의가 분분하였다. 얼마 후 폐하(陛下)께서 교정청(校正廳)을 궁중에 설치하고 영의정(領議政) 심순택(沈舜澤)과 좌의정(左議政) 조병세(趙秉世) 등을 총재(總裁)에 제수하고 당상 십수 명을 두고 외척 신하들을 파직하니, 개혁의 단서가 처음으로 열렸다.