고구려에 처음으로 사원이 건립된 것은 372년(소수림왕 2)에 불교가 공식적으로 전해진 때로부터 3년이 지난 해이다. 이때 초문사(肖門寺)와 이불란사(伊弗蘭寺)를 창건하여 승려 순도(順道)와 아도(阿道)를 머무르게 하였다. 이후 신앙을 실천하기 위해 사찰 창건은 지속되었다. 고구려 당시의 모습을 유지하고 있는 사찰은 현존하지 않지만, 문헌 기록을 통해서는 393년(광개토왕 2)에 평양에 9개 사찰 조영과 이외에도 금강사, 반룡사, 영탑사, 육왕사 등의 창건 사실을 확인할 수 있다. 발굴 조사를 통해 고구려의 사원으로 알려진 것은 정릉사지, 금강사지, 원오리사지, 상오리사지 등이다. 이들은 주로 8각 목탑을 중심으로 동·서·북 세 방향에 금당이 있는 구조를 하고 있어서 1탑 3금당의 가람배치가 고구려의 사찰의 공간 구성의 특징임을 알 수 있다.

『삼국사기』의 372년(소수림왕 2)에 전진(前秦)의 부견(符堅)이 사신과 함께 승려 순도와 불상, 경문을 보내었다는 기록은 고구려에 불교가 정식으로 전해진 내용이다. 그리고 2년 뒤에는 승려 아도가 고구려에 왔다고 한다. 고구려에서는 그 뒤 375년에 초문사와 이불란사를 창건하고 그곳에 각각 순도와 아도를 머물도록 하였다. 고구려에 불교가 전래된 것은 전진과의 외교관계의 일환으로 이루어진 것이기 때문에 초문사와 이불란사는 당시 고구려 수도인 국내성(國內城)에 창건되었을 것이다. 그리고 불교가 전래 된 4세기 이후 평양 천도 전까지 국내성 일대 지역에서 사찰을 중심으로 많은 불사가 이루어졌을 것이다. 그러나 기록이나 발굴 조사를 통해서는 확인하기가 쉽지 않으며, 이 두 사찰도 어디에 창건되었는지 명확하지 않다.

한편 『해동고승전』에서는 ‘초문사’는 ‘성문사(省門寺)’가 맞다면서 고려시대의 흥국사(興國寺)가 이 초문사, 즉 성문사라고 하였고, 『고기』를 인용하여 이불란사는 고려시대의 흥복사라고 하였다. 이 『해동고승전』의 기록에 대해 일연(一然)은 고려시대에 흥국사는 송경(松京), 즉 개성에 있었기 때문에 잘못된 것이라고 하였다. 일연은 초문사가 당시 고구려의 수도인 국내성에 있어야 한다고 판단한 것이다.

그런데 흥복사와 흥국사가 개경만이 아니라 고려시대 평양에 있었던 사실도 확인되기 때문에 고구려가 평양으로 천도한 이후 국가적으로 중요했던 이 사찰들이 평양으로 옮겨졌거나, 또는 처음부터 평양에 창건되었을 가능성이 제시되었다. 그러나 국내성에서는 현재까지는 사지(寺址)가 확인되지 않았기 때문에 고구려의 첫 사찰인 초문사나 이불란사의 위치는 확정할 수 없다.

409년 완성된 덕흥리 고분에는 ‘석가불의 제자(釋迦文佛弟子)’라는 묵서가 있고, 장천 1호분에서는 불상을 묘사한 것으로 추측되는 벽화가 있다. 또 승랑·파야·의연·혜관 등의 승려들과 일본 쇼토쿠 태자의 스승이었던 혜자나 담징 등 고구려 승려들의 행적은 고구려에서 불교가 융성하였음을 알 수 있다. 이와 연계하여 많은 사찰은 창건되었을 것이다. 관련하여 『삼국사기』 광개토왕 2년조에는 ‘9개의 절을 평양에 창건하였다’는 기록이 있다. 이는 평양에 아홉 개의 사찰을 짓기 시작하였다는 의미로 파악된다. 498년(문자왕 7)에는 금강사(金剛寺)를 창건하였다. 이 금강사는 현재 평양 청암리에서 발굴된 사지에 해당한다.

또 고구려 말기에 승려 보덕(普德)이 신비로운 사람의 말에 따라 땅을 파보니 8각 7층 석탑이 있었다는 이야기가 『삼국유사』에 전하는데 초창 당시의 석탑이 출토된 사실에 붙여져 생긴 설화로 파악된다. 이 탑이 있던 곳은 영탑사(靈塔寺)라고 한다. 보덕은 항상 평양에 머물렀다고 하므로 영탑사는 평양에 위치하였다고 추측된다. 이후에 보덕은 반룡사(盤龍寺)에서 기거하다가 백제로 투항하였다. 이 반룡사의 위치에 대해서는 평양성의 외부 또는 평양의 변경이거나 현재의 을밀대 등 다양한 곳에 비정되고 있다. 보덕의 제자들도 여러 사찰을 창건하였다고 한다.

평양 이외의 지역에 사찰이 있었던 것을 알려 주는 또 다른 기록으로는 요동성 옆에 7층 목탑은 고구려의 성왕(聖王)이 세운 것이라는 『삼국유사』의 기록이다. 탑의 존재는 사찰 창건과 연동해서 이해할 수 있기에 요동성에 사찰이 창건되었을 가능성이 높다. 또 금동연가7년명여래입상의 광배에 쓰인 명문을 통해 동사(東寺)의 존재를 확인할 수 있다.

고구려가 평양으로 천도하기 전까지 고구려의 수도였던 국내성 지역에서는 현재까지는 사지(寺址)가 확인되지 않았다. 그러나 평양과 지방에서 몇몇 사지가 확인되었다. 고구려는 427년(장수왕 15)에 국내성에서 평양으로 수도를 옮겼는데, 전후 시기에 평양에 불교사원의 건립이 지속적으로 이루어졌을 것이다. 평양의 도성은 안학궁과 대성산성, 청암리토성, 청호리토성, 고방산성 일대로 추정되고 있고, 이 일대에서 청암리사지(금강사지), 상오리사지가 발굴되었다. 586년 고구려는 안학궁에서 장안성으로 궁성을 옮기는데, 이 근처에 평천리사지가 있다.

고구려 사원 유적지로 확인되었거나 추정되는 곳으로는 청암리의 금강사지, 정릉사지, 상오리사지, 평천리사지, 토성리사지, 청암리토성 부근 건물지, 중흥사지, 영명사지, 낙사지 등이 있다. 고구려의 사찰은 탑을 세웠던 것으로 추정되는 팔각건물지를 중심으로 금당으로 생각되는 건물지가 3곳에서 둘러싼 가람배치가 특징이다. 이 중 구체적인 발굴 조사 결과를 통해 고구려 사찰 구성의 특징을 알 수 있는 곳은 정릉사지와 금강사지로 알려진 청암리사지가 있다.

평양시에서 동남쪽으로 22km 떨어진 역포구역 무진리 왕릉동에 위치한다. 정릉사는 고구려 건국시조의 무덤으로 추정되는 동명왕릉 앞쪽 120m 가량 떨어진 곳에 자리하고 있어서 동명왕릉의 원찰(願刹)로 여겨진다. 북한 국보문화유물 제173호이다. 1973~1975년 사이에 발굴조사가 이루어졌는데, 건물터 18개, 회랑터 10개, 원형 구조물 2곳, 정방형 적석 시설물 1곳 등이 확인되었다. 회랑에 의해 영역이 구분되는데 가운데 영역의 중심에 팔각형 목탑이 있고 좌, 우, 뒤쪽에 금당이 배치된 1탑 3금당 형식의의 가람배치를 확인하였다. 그러나 남북 중심축을 중심으로 대칭을 이루는 형식은 아니다. 정릉사지에서는 기와, 치미, 귀면와, 토기편, 벽돌, 금동장식물, 구슬, 벼루, 화살촉, 화로 등이 출토되었는데, 이 중 ‘定陵’, ‘寺’, ‘定’, ‘卍’ 이라는 글자가 새겨진 토기편들이 발견되어 이곳을 정릉사라고 칭한다. 그러나 문헌기록에서는 이와 동일한 명칭의 고구려 사원이 확인되지는 않는다. 1993년에 현재의 모습으로 복원되었다.

금강사지는 평양시 대성구역 청암리토성 안쪽에 위치하여 청암리사지로 불렸다. 『삼국사기』 문자왕 7년 금강사 창건 기록과 『신증동국여지승람』 권51에 근거하여 이곳을 문자왕이 497년에 창건한 금강사로 추정하였고, 현재까지 통설로 인정되고 있다. 이 절터는 1938년 일제의 조선고적연구회 평양연구소가 발굴을 하였는데, 서남향을 축으로 서로 대칭이 되도록 배치하였다. 남쪽으로부터 중문, 팔각목탑지, 탑의 좌우와 뒤편의 방향 금당지, 금당 뒤의 강당지를 확인하였다. 팔각목탑지는 한 변의 길이가 10.2m~10.4m이며 폭은 24.7m로 아마도 높이 61m정도의 목탑이 조성되었을 것이라고 추측된다. 이후 1956년 일본 나라(奈良)의 아스카데라(飛鳥寺)가 발굴 조사 결과 청암리사지와 유사한 가람배치로 조성된 것이 밝혀져 고구려와 일본간 불교 문화의 교류 관계를 알려 준다는 점에서 주목되었다.

이 사지에서는 ‘寺’가 새겨진 기와편, 수막새, 금동비천상, 금동꽃장식물, 금동 방울 등이 출토되었다. 이 밖에 청암리토성 부근의 건물지는 1950년대 도로보수공사 하면서 금동관 2점 및 금동장식물, 금동광배가 출토되었는데, 이 건축지가 금강사에 속한 것인지는 확실하지 않다.

정릉사지와 금강사지 이외에도 몇 곳의 사찰 터가 발굴조사를 통해 알려졌다. 먼저 상오리사지는 평양시 대동군 임원면 상오리에 위치하는데, 청암리사지에서 동남쪽으로 약 2km 떨어진 곳이다. 1939년 일제의 조선고적연구회 평양연구소가 발굴 조사하였고, 당시에 목탑지와 좌우측의 금당지를 확인하였다. 따라서 정릉사나 금강사와 같이 목탑을 중심으로 3개의 금당이 배치된 1탑 3금당 형식이라고 추측된다. 평천리사지는 평양시 평천구역 평천리에 소재하는데, 1940년대에 이곳에서 국보 118호 금동미륵보살반가사유상, 연가7년명 금동광배를 비롯한 대좌, 인왕상 등 불교 관련 유물들이 출토되어 불교사원이 존재했음을 추측하게 하나 본격적인 발굴은 이루어지지 않았다.

평양 이외에 확인되는 곳은 원오리사지이다. 원오리사지는 평양 시가지에서 서북쪽으로 약 24km 떨어진 곳에 있는 만덕산 서쪽 산기슭에 소재한다. 1932년에 이곳에서 소조불상이 발견되었고, 1937년 발굴조사 하였을 때에도 많은 소조불상의 파편이 출토되었다. 출토지가 분명한 고구려 불상으로 가치가 크다. 그러나 사찰터는 조사 당시 이미 많은 부분이 농지화되어 있었기 때문에 원래의 모습을 확인하기는 어려웠다. 전체적으로 상단과 하단으로 구별되는데, 유적 중앙부의 중심 건물지의 초석과 기단 유구가 확인되는 건물지 동쪽 부근에서 고구려시대 기와 편과 소조불상의 파편이 발견되었고, 고구려시대 기와층에서 완형에 가까운 연화문 수막새가 발견된 것을 근거로 이 원오리사지가 고구려 시대에 창건되었을 가능성이 제시되었다.

황해도 봉산군에 위치한 토성리사지에서도 8각 건축지와 그것을 중심으로 서쪽과 북쪽의 건축지 일부와 동남쪽의 원형시설 등이 발견되었다. 정식 발굴은 없었으나 발견유물 등으로 미루어 평천리 건축지도 불교사원지로 추측된다. 이외에 평양의 영명사, 중흥사, 낙사리사지, 암사리사지, 대왕사, 황해남도 안악군 월정리의 쌍계사지가 있다.

구체적으로 발굴 조사가 된 정릉사, 청암리사지, 상오리사지의 평면배치는 모두 팔각형 목탑을 중심으로 금당이 동·서·북쪽 방향에 배치된 1탑 3금당식으로 확인되어 고구려 건축을 대표하는 건축유형으로 평가된다. 이러한 형식은 일본 나라 아스카데라(飛鳥寺)의 공간 구성에도 영향을 주었다. 그리고 8각 다층탑의 전통은 고려시대에도 이어져 옛 고구려 지역인 묘향산 보현사와 오대산 월정사에 8각 다층탑이 조성되었다.