조선 후기로 갈수록 서원의 남설(濫設), 재정 악화와 과거 대비 교육의 비효율성 등에 대한 지적으로 서원의 교육 기능이 점차 침체된 데 비해 제례 기능은 더욱 강화되었다. 서원의 제례는 정기적인 것과 부정기적인 것으로 나눌 수 있다.
먼저 정기적인 제례로 대표적인 것은 서원에서 가장 크게 강조한 춘추 제향(春秋祭享)이다. 춘추 제향은 1년에 두 번 음력 2월과 8월에 하는 것이 보통이었다. 또한, 매달 초하루와 보름에 제사 음식은 준비하지 않고 향촉(香燭)만 밝히는 삭망 분향제(朔望焚祭香)가 있었으며, 정초가 되면 유생들이 서원에 모여 참배하기도 하였다.
이 외에 부정기적인 제례는 서원 건물을 수리하면서 위패를 다른 곳으로 옮길 때, 도난·화재·뇌우(雷雨) 등 재난을 입었을 때, 위패를 새로 봉안하거나 제외시킬 때, 사액을 받았을 때 행하였다.
