원장 선출 방법은 서원마다 관례가 조금씩 다르다. 경원장(京院長)은 서원 유림들이 모여서 특정 인물을 추대한다. 보통 같은 당색(黨色), 동향(同鄕), 배향 인물 후손 등 일정한 연고가 있는 인물이 추대되는 것이 보통이라 한 사람이 여러 서원 원장을 겸임하는 사례가 많다. 인물이 추대되면 유사나 유생 등을 서울로 보내 원장 취임 요청 편지를 바치고 승낙을 받는 형식을 취한다. 원장이 수령인 경우도 마찬가지로 수령에게 통보하고 승낙을 받는다. 경원장의 임기는 중간에 사정이 있어 사임하지 않는 한 종신직(終身職)이다. 수령이 맡는 경우는 대개 1년이며, 수령이 교체되면 대신 다른 고을 수령을 임명하거나 잠시 자리를 비워 놓았다가 후임 수령이 부임하면 기회를 보아 다시 위촉한다.
장의나 유사는 봄가을 제향이 끝난 자리에서 추천을 받아 이 가운데에서 투표하여 결정한다. 원장이 중앙 관료일 때는 이를 원장에게 통고하여 이름 아래에 ‘위(爲)’ 자를 받은 사람을 임명한다. 만약 부당하다고 여기는 인물이 원임으로 선출되면 주변 서원에서 해당 서원에 통문을 보내 교체를 요구하기도 한다. 대표적으로 조선 후기에 일부 서원은 서얼에게도 낮은 직임에 취임할 것을 허용하였는데, 이 경우 주변 서원에서 통문을 돌려 취소나 교체를 요구하는 경우가 많았다.
원임이 임무를 성실히 수행하지 않아 긴급히 교체할 경우, 개인 사정으로 원임을 사퇴하는 경우에는 유회 등 유림들의 모임에서 적임자를 다시 추천한다. 선출된 원임은 이름을 서원에 붙여 놓아 공포하고, 뒤이어 서원에서 보낸 임명장을 받고 정식으로 임명된다. 그 뒤 그 달 삭망 분향제에 새 원임이 옛 원임과 나란히 제례를 거행하고 사무를 인계 받은 뒤 서원 직무를 정식으로 담당하게 된다.
장의, 유사 등 원임의 임기는 서원마다 일정하지 않으나 대체로 1년이었고 연임도 가능하였다. 드물기는 하지만 기회가 되면 중임하기도 하였다. 임원을 자주 교체하면 서원 운영에 차질이 생기며 원임을 둘러싼 분쟁의 소지가 되므로 될 수 있는 한 중간에 교체하지 않았다. 그러나 재임 중 부정이 발각되어 벌을 받거나 개인 사정으로 직임을 원만히 수행할 수 없을 때에는 사임 단자(單子)를 제출하고, 원임이나 유생 협의를 거쳐 사임이 가능한지 여부를 결정한다.
