1170년(의종 24)의 쿠데타로 무인이 정권을 잡게 되면서 고려 사회는 크게 바뀌었다. 기존의 지배층인 왕실과 문인 관료의 영향력이 급격히 쇠퇴하고 그에 대신하여 무인이 새로운 사회 주도층으로 등장하였다. 지배층의 교체는 불교계에도 적지 않은 변화를 가져다주었다. 기존의 왕실 및 문인 관료와 연계하고 있던 수도 중심의 불교가 쇠퇴하고 대신에 권력으로부터 독립하여 자율적으로 운영하고자 한 지방의 결사(結社) 불교가 대두되었다. 무신 정권은 결사 불교를 지원함으로써 민심을 안정시키고 정권의 정당성을 얻고자 하였다.
무신 정권이 등장한 이후에도 기존 불교계는 한동안 세력을 유지하고 있었다. 하지만 왕실 및 문인 관료와 밀접하게 연결되었던 이들은 수차례에 걸쳐 무신 정권의 타도를 위한 움직임을 보였고 그때마다 무인 집정자에게 큰 타격을 받았다. 1174년(명종 4)에 개경의 승려 2,000여 명이 무신 정권을 타도하기 위해 나섰다가 진압되었고,180)『고려사절요』 권12, 명종 4년 정월. 1202년(신종 5)과 1203년에는 경 상도 지역 승려들이 지방민과 연합하여 무신 정권에 대한 반란을 일으켰다가 토벌되었다.181)『고려사절요』 권14, 신종 5년 10월, 6년 9월. 또 1217년(고종 4)에는 침입해 온 거란군을 물리치기 위해 동원되었던 개경의 승려들이 도리어 집권자 최충헌을 죽이려 하다가 수백 명이 죽임을 당하기도 하였다.182)『고려사절요』 권15, 고종 4년 정월. 이와 같은 과정을 거치면서 기존 불교계의 중심 세력은 거의 대부분 도태되었다. 왕실 및 문벌 출신이 교단의 중심을 이루고 있던 화엄종과 법상종 세력은 크게 위축되었고, 선종과 천태종에서도 중앙에서 활동하던 기존 중심 세력이 밀려나고 중앙의 권력으로부터 떨어져 있던 승려가 새롭게 종단을 주도하게 되었다.
무신 정권기 불교계의 새로운 흐름은 지방에서 일어난 결사 불교였다. 개경을 떠나 지방의 조용한 곳에 함께 모여 오로지 수행에만 정진하는 결사 불교는 무신 정권기 이전에도 있었지만 불교계 전체에 별다른 영향을 미치지 못하고 있었다. 하지만 기존 불교계가 쇠퇴한 상황에서 결사 불교는 이제 불교계의 새로운 구심점 역할을 하게 되었다. 당시의 대표적인 결사로는 화엄종의 반룡사(盤龍社)와 수암사(水嵓社), 법상종의 수정사(水精社), 선종의 수선사(修禪社), 천태종의 백련사(白蓮社) 등이 있는데, 특히 수선 결사와 백련 결사는 기존 불교계의 문제점을 극복할 수 있는 새로운 사상과 신앙을 제시하면서 중심 세력으로 등장하였다.
