이상에서 고려의 중서문하성은 형식적으로는 좌우로 문하성과 중서성이 병립되고 상하로는 재신과 낭사로 구분되었지만, 실제에 있어서는 양성은 중서문하성으로 통합된 단일기구였으며 다만 재신과 낭사는 그 기능과 성격이 이질적이었음을 알게 되었다. 이러한 중서문하성의 단일기구화는 고려의 정치체제에서 큰 의미를 지닌다.

　원래 고려의 3성제는 당제를 본딴 것이다. 3성제란 중서성·문하성·상서성의 3성 체제이지만 고려는 그정치 구조상 복잡한 3성 병립제가 필요하지 않았다. 여기에 나타난 것이 문하시중을 수반으로 한 일원적인 중서문하성의 성립이었다. 그러므로 고려에서는 중서문하성이 단일기구로 최고의 정무기관의 지위에 있었으며 3성의 하나인 상서성도 이에 예속하게 되었다. 다시 말하면 고려는 중서문하성을 정점으로 한 일원적인 정치체제를 이루고 있었다고 할 수 있다.

　그러나 이러한 중서문하성 중심의 정치체제에 큰 변화가 나타났다. 먼저 무신정권기에 들어가면서 중서문하성의 기능이 약화되었다. 무신정권기에도 제도상 엄연히 중서문하성이 존속되고 여전히 재상이 앉아 정무를 보았지만, 무신의 집정기구가 강한 권력을 독점함으로써 정부의 공식기구를 무력화시켰다. 즉, 무신정권기에는 重房·政房·敎定都監 등 집정기구가 권력의 중심 기관이 되어 종래의 공식적인 중서문하성 및 상서성 등은 유명무실하게 되고 말았다.

　중서문하성은 元의 지배 하에 들면서 더욱 축소 약화되었다. 충렬왕 원년(1275)에 전체적인 관제가 격하되었을 때 중서문하성은 상서도성과 함께 僉議府로 개편되고 6부도 4司로 감축되었다. 그후 첨의부는 충렬왕 19년(1293)에 都僉議使司로 승격되고, 공민왕 5년(1356) 관제복구에 따라 다시 중서문하 성으로 회복되었지만, 11년 다시 도첩의부로 환원되었으며 18년에 문하부로 개칭되었던 것이다.⁰⁰⁵⁵⁾≪高麗史≫권 76, 志 30, 百官 1, 門下府.

　이와 같이 고려 후기의 중서문하성은 그 원형이 상실되고 명칭이나 기능도 크게 바뀌었다. 그러나 무엇보다도 중요한 사실은 중서문하성이 都評議使司의 설치에 따라 무력화된 점이다. 고려 후기에는 도평의사사가 都堂이라 일컬을 만큼 일원적인 국정의 최고 기관으로서 백료 서무를 관장하였으므로 중서문하성(첨의부)은 형식적으로 존재하였을 뿐이었다. 이제 고려 후기의 중서문하성은 전기의 그것과는 전혀 다른 유명 무실한 기구로 되고 말았던 것이다.