조선왕조는 두 차례의 왕자의 난을 겪으면서 정종 2년(1400)에 사병의 혁파가 이루어지는 동시에 대규모의 관제개혁이 이루어졌다. 이 때의 개혁 가운데 가장 중요한 것이 병권 즉 군령체계의 문제였다. 전기한 바와 같이 의흥삼군부의 비대화로 초래된 제도상의 불균형을 시정하는 것이었다.

　이 때의 관제개혁에 나타난 군령체계상의 변화는 중추원과 의흥삼군부를 합속시켜 녹관을 갖는 三軍府를 확립시키고 의정부와 삼군부의 종적 관계를 수립하여 군령계통을 屢層的으로 한다는 것이었다.³⁰⁰⁾≪定宗實錄≫권 4, 정종 2년 4월.

　이러한 개혁은 허구화된 중추원 기능을 흡수함으로써 삼군부의 위치를 확립하는 동시에 삼군부의 요원은 의정부의 구성원이 될 수 없다고 못박아 군령체계상 발명권을 갖는 재상이 발명권을 갖는 삼군부 총제의 상위에 있어야 한다는 논리에서 정부와 군부를 구분하려는 의도를 나타내고 있다. 뿐만아니라 삼군부의 중·좌·우 3군은 각각 구분되어 통할하도록 하였다. 判三軍府事·知三軍府事·同知三軍府事 외에 각 군별로 총제가 있어서 소속 군을 통할하도록 하였다. 이는 사병혁파로 삼군부가 명실상부하게 군사를 장악함으로써 분할 통할하게 하여 병권의 편중을 경계하고 병권의 집중을 견제하도록 한 것이다.

　의흥삼군부는 태종 원년(1401) 7월에 承樞府로 개편되었다. 이 때에 승정원이 없어지고 비서인 知申事 등이 승추부 소속으로 되면서 군기장악 기능과 왕명출납 기능이 다시 통합되어 고려 초기부터 있어온 중추원제도로 되돌아간 것이며 최고위의 宰臣이 승추부의 판사를 겸임하도록 하였다.³⁰¹⁾≪太宗實錄≫권 2, 태종 원년. 7월 경자·권 4, 태종 2년 11월 경인.

　이같이 왕명출납 기능과 군기 기능의 통합으로 이루어진 승추부는 과거 태조가 집권화 시책을 강화하는 가운데 의흥삼군부의 장관직이 정도전에게 맡겨지고 병권과 정권이 통합되다시피 되었던 것과 마찬가지로 河崙 등 태종의 친신들로 하여금 정권과 병권의 주축을 겸장하게 하여 정치적 안정과 집권화의 촉진을 기하고자 했던 것이다.

　태종 3년 6월에 이르러서는 독자적인 삼군도총제부가 설립되고 다시 승추부와 분리되는 별도의 체계를 갖게 되었다.³⁰²⁾≪太宗實錄≫권 5, 태종 3년 6월 계해·을해. 즉 중·좌·우군에 각각 도총제부가 설립되어 각군의 도총제부에는 都摠制 이하 摠制·同知摠制·僉摠制의 직위가 마련되어 각 군을 관장하기에 이른 것이다. 이와 같은 삼군도총제부의 성립으로 군령체계는 다음과 같이 정비되었다. 즉 군령상의 최고기관은 승추부로 군기에 관한 사항은 의정부의 개입을 받지 않고 왕명을 받도록 되어 있고 삼군도총제부의 각군 도총제는 승추부에서 합의된 특명을 받고 다시 각 군별로 분속되어 있는 10司의 각각에 전령하게 되는 것이었다. 그러나 승추부의 요직을 의정부의 고위직을 갖는 자가 겸총함으로써 의정부가 승추부의 우위에 서 있었다. 그리고 승추부가 군기를 장악하고 군령상 최고의 지위에 있기는 했으나 직접적인 군사 장악과 간격이 있었으므로 전군 특히 중앙군을 통일적으로 장악하고 통합하는 지위는 존재하지 않았다.

　또한 삼군도총제부를 각 군별로 설치한 것도 군의 장악 단계에서 비대한 병권의 통합이 이루어지는 것을 우려했기 때문으로 생각된다. 따라서 발령·발병·거병에 의한 종적인 병권의 분산뿐만 아니라 횡적인 상호 규제를 위한 배려도 아울러 취해지고 있는 것으로 생각된다.

　조선 초기의 정치제도는 태종 5년(1405)에 이르러 중요한 변화가 나타나 고 군령계통에도 새로운 양상이 나타났다. 가장 큰 정치제도의 변화는 과거 정3품 아문에 지나지 않았던 六曹權이 정2품 아문으로 승격되었고 6조의 하나인 병조는 승추부의 기능을 병합하여 군령과 군정을 총괄하는 기관으로 부상하여 군령체계에도 변화가 일어난 것이다.³⁰³⁾≪太宗實錄≫권 9, 태종 5년 정월 임오. 이어서 6조의 분직이 정해지고 이른바 속아문제도가 확립됨으로써 병조의 지위가 확실하게 되며 태종 8년 이후에는 의정부가 담당했던 서무를 6조로 귀속시키면서 6조 중심의 정치체제가 강화되었으며 병조권도 상대적으로 강화되었던 것이다.³⁰⁴⁾≪太宗實錄≫권 9, 태종 5년 3월 병신·권 15, 태종 8년 정월 임자.

　이같은 6조권의 강화로 군령상 병조와 삼군도총부의 상하관계가 성립된다. 즉 병조의 속아문제도를 통하여 삼군도총제부가 병조의 속아문화했으며 공문의 이송 절차에서도 상하관계가 뚜렷이 나타난다. 따라서 강화된 병조가 최고의 군령기관으로 되었으며 중·좌·우의 삼군도총제부가 병조로부터 명을 받아 10사의 말단까지 전령하도록 계통이 서게 된 것이다. 그러나 병력을 실제로 장악하면서 광범한 권력을 행사할 수 있었던 삼군도총부의 군령상 지위는 결코 무시할 수는 없었다.

　또한 태종 8년(1408) 2월에는 領三軍事處라는 군령상의 합의기관이 나타난다.³⁰⁵⁾≪太宗實錄≫권 15, 태종 8년 2월 갑진. 이 영삼군사처라는 회의체는 병조에 의한 군령권의 獨專을 막고 군사운용의 실제에서 서로 협조할 수 있도록 설치된 것으로 생각된다. 즉 병조에 의한 군령체계상의 단일화가 갖는 병권 집중의 우려를 해소시키기 위하여 병조의 명령을 옮겨 받고 실제의 용병에 앞선 단계에서 군령의 확인을 기하고 용병의 실태를 파악하도록 하기 위하여 영삼군사처가 설치되었던 것으로 생각된다.