지방의 마정조직은 각 도의 관찰사 밑에 監牧官을 두어, 守令으로 하여금 이를 겸임케 함으로써(일부 지방은 전임의 감목관 배치) 각 목장의 群頭·群副 및 牧子를 관찰하도록 하는 체계를 갖추었다.

조선 초기에는 고려 말의 편제를 그대로 따르면서도 중국의 大明律 등을 참고한 체제로서 운영하였다. 그러나 지방조직의 정비를 위한 1차 작업이 태종 7년(1407) 의정부의 건의로 착수되었다. 즉 전국 각 고을의 水草가 좋은 곳에 목장을 건설하고, 牧子로 하여금 생산에 종사하게 하되 수령이 그 책임을 맡았으며, 관찰사가 수령을 평가할 때에는 種馬를 번식시킨 수에 따라 黜陟을 결정토록 함으로써, 관찰사－수령－＜목장＞－목자로 이어지는 조직을 갖추게 되었다. 그러나 수령들이 실무에 어두워 말 생산에 손실을 가져 오자, 다음해에는 2차 작업으로 새로이 감목관을 배치하여 지방의 마정을 강화시키고자 하였다.

제3차 작업은 병조의 안에 따라 세종 7년(1426)에 실시되었다. 마정의 하부조직인 각 도의 목장을 암말 100필 단위로 1群으로 편성하여 군두 1인을 배치하고, 50필마다 각각 군부 1인, 25필마다는 목자 1인씩을 소속시켰다. 그리고 이를 관할하기 위하여 말 번식에 능숙한 6품 이상의 감목관을 파견하였다. 이에 따라 각 군마다 1년에 80필 이상 번식시키면 上等, 60필 이상은 中等, 60필 미만은 下等으로 하여 출척하되, 30개월 안에 상등이 세 번이면 위계를 올려 주고, 상등이 한 번이면 위계는 그대로 둔 채 임용하며, 세 번 중등이면 벼슬을 깎아서 내보내고, 하등은 즉시 논죄·파면하여 내쫓으며, 두 번씩 성적이 하등인 것은 군두·군부·목자까지 모두 논죄하고, 말을 죽게 하거나 잃어버리고 손상하여 쓸 수 없게 될 때에는 모두 법률의 조문에 따라 처리하게 하였다. 이로써 감목관－(목장의 각 군)－군두·군부·목자로 연결되는 체계가 확립되었다. 또한 세종 10년에는 役이 없는 백성을 목자로 충당하여, 牧馬軍을 편성함으로써 목장을 간수·관리케 하는 4차 작업을 마무리하였다.

이러한 과정을 거쳐, 목장 조직은≪經國大典≫에 이르러 약간 보완되어 확립되었다.≪경국대전≫兵典에 의하면 각 도의 목장을 암말 100필과 숫말 15필로써 1군을 삼고, 1군마다 군두 1인(목자 중에서 良人을 골라 정하되 군부도 같음), 군부 2인, 목자 4인을 배치하여 돌보게 하였다. 한편 종6품의 감목관을 수령으로 겸임시켜, 매년 85필 이상을 번식케 하면 그 군두의 품계를 승급시키고, 뛰어난 자의 경우에도 품계를 승급하여 관직을 수여하도록 하였다.(＜표 2＞).