17세기 중반의 國書改作事件(柳川一件)은 대마도주의 가신이면서 풍신수길 정권 이후 일본의 막부정권과 긴밀한 관계에 있던 柳川(야나가와)家에 의해 폭로되었다. 1630년대 이후 막부가 대외무역을 독점해 감에 따라 언젠가 대조선통교도 막부가 장악하리라고 전망한 유천家는, 조선과의 통교관계가 막부 주도의 직교체제로 전환될 경우, 대조선관계에서 대마도주를 제외시키기 위해 인조 13년(1635) 3월 마침내 통교 재개 이후 대마도에서 국서를 개작해 왔다는 전대미문의 사건을 폭로하였다.

　국서개작사건은 조일 양국에 큰 파문을 일으켰다. 우선 막부는 이 사건의 수습 과정에서 뜻밖에도 유천家가 아닌 대마도주를 선택함으로써, 도주의 지위를 안정시키는 한편 대조선통교 루트를 대마도주 宗家로 일원화시켰다. 이 과정에서 외교문서 작성을 맡아 왔던 유천家 및 以酊菴 승려들이 처벌을 받게 됨에 따라, 대마도는 막부에 외교문서를 작성할 수 있는 전문인력을 요청하였다. 막부는 京都의 5山僧을 대마도의 이정암에 파견하여 2년씩 윤번으로 근무하게 하여 조선과 주고 받는 외교문서의 작성 및 검열을 맡아보게 하였다. 이것이 소위 ‘이정암 윤번제’라는 것으로, 막부는 국서개작사건 이후 대마도주를 통한 간접통교 방식은 기본적으로 견지하였으나 대조선교섭에 간여할 수 있는 계기를 마련할 수 있게 되었다. 이러한 변화는 인조 13년 12월 부산에 온 대마도 사자 玄方(켄포오)에 의해 알려졌다.

　조선도 국서개작이 일본에서 문제가 되자 예의 주시하였다. 교섭루트의 변경에 따라 대일정책을 새로 강구해야 했기 때문이다. 조선은 조선 전기 이래 유천의 외교실무 능력을 평가하여 流芳院送使라는 圖書船을 허락하였으며, 임란 이후 피로인의 송환에도 성의를 보였기 때문에 대일본 교섭에 있어서 신뢰도가 높았다. 그런 만큼 인조 10년에는 당상역관 韓祥을, 인조 13년에는 洪喜男을 대마도에 파견하여 사건 처리의 추이와 막부의 의도 파악에 노력하였으며, 유천家의 몰락 이후의 사태에 대응하려 했다. 그 결과 조선은 막부정권에는 통신사를 파견하여 우호를, 대마도에는 문위행을 파견함으로써 대마도주를 통한 교섭루트의 안정에 노력하게 된다.