군국기무처는 중앙정부의 정치·행정제도를 개혁하는 데 치중함과 동시에 소규모의 지방제도 개혁도 단행하였다. 그중 주목할 만한 것은 각 면 인민들이 유능한 대표자 한 사람씩을 선거(圈選)하여 읍단위의 향회를 조직하고 이 향회로 하여금 정부의 명령사항과 醫療 등 지방행정사업을 평의하고 공동으로 결정케 하는 일종의 지방자치제를 실시키로 결의한 것이다.⁴²⁰⁾崔敬洛,＜第一次甲午更張攷－≪高宗實錄≫から見た制度改革內容とその運營－＞(≪朝鮮學報≫46, 1967), 79∼86쪽.

이외에도 漢城府와 監理署의 직권을 재조정하는 개혁을 단행하였다. 한성부의 경우, 종래의 한성부 判尹(정2품)과 그 밑의 左·右尹(종2품)직을 감하하고 그 대신 少尹을 漢城府尹(칙임 3품관)으로 개칭하고 “都下의 지방인민을 관할하고 각국 상민과의 소송을 掌理”케 하였다. 이때 한성부가 종래 행사하고 있던 도민에 대한 경찰·사법권은 경무청 혹은 사법기관으로 이관하되 濬川司만은 여전히 한성부 소관으로 남겼다.

군국기무처는 3항 감리서의 기능을 중시하여 감리의 직위를 지방장관과 동격인 3품으로 격상시키고 동시에 지방관이 감리직을 겸임하던 관례를 중지시켰다.

또 각급 지방관의 임용규정을 개정했는데, 이에 따르면 監留·梱師 이하 郡縣 및 履歷僉使까지를 포함하는 지방관과 한성부 부윤 및 3항 감리를 임명할 때에는 총리대신이 각 아문 대신·(의정부)찬성 및 도헌 등과 협의하여 공거처리하고, 2품 이상의 경우에는 국왕에게 備望奏聞하여 取旨點用하고, 3품 이하의 경우에는 單方奏聞하여 差遣토록 하였다. 그리고 中軍·虞候를 임용할 때에는 道帥臣이 자벽한 뒤 開單呈送하여 총리대신으로 하여금 奏聞케 하고, 그 외에 察訪은 工務대신이, 監牧官은 내무대신이, 鎭堡官은 군무대신이, 그리고 감리서의 판임관 이하 관원은 감리가 각각 內職의 판임관 選任例에 따라 임용하도록 규정하였다.⁴²¹⁾군국기무처에서 지방관의 임명권을 이처럼 세분해서 규정한 것은 당시 내무아문대신서리였던 李埈鎔의 권한을 空洞化하기 위한 목적에서 나왔다.