독립협회는 국가평등권론과 더불어 國家自主權論을 제기하였다. 독립협회의 활동시기는 1896년 2월 아관파천으로 김홍집·어윤중 등의 친일내각이 붕괴되고 이범진·이완용 등 친러내각이 성립되었으며, 국왕인 고종이 러시아 공사관에 보호를 받고 있었기 때문에 러시아가 한반도에 상당한 영향력을 행사하고 있었던 시기였다. 그러므로 독립협회 회원들은 한반도를 둘러싼 러시아·일본 등 열강의 침략 경쟁으로부터 국가의 자주독립을 지키는 것을 민족적 과제로 생각하였다. 따라서 서재필은 자주독립의 완전한 국가를 만들기 위한 목적으로 정치적 단체를 만드는 데 있어 그 명칭을 ‘獨立協會’라 명명했던 것이다.

　독립협회는 “국가가 국가 됨은 자립하여 다른 나라에 의뢰하지 않고, 재정권·兵權·인사권 등의 통치권을 스스로 전 국토에 행사해야 하는 것이다”⁰⁶⁵³⁾≪承政院日記≫, 1898년 2월 22일, 中樞院一等議官安駉壽等疏 참조.는 요지의 구국선언을 통하여 국가자주권론을 강력하게 주장하였다. 그 국가자주권의 핵심은 외국의 간섭을 받지 않는 자주적 통치권을 확립하는 것이었다. 그러므로 러시아가 군사교관을 보내어 한국의 시위대를 조련하고 군통수권에 간섭했으며, 재정고문을 보내어 한국의 재정과 국고금을 관리하려고 했을 때,≪大朝鮮獨立協會會報≫는 군사교관과 재정고문의 고빙문제가 국가자주권의 상실과 직결되는 문제라고 경고하였다.

외국인 고문과 敎師를 置하기를 好하고 자기가 實心으로 學하기를 厭하는 자는 곧 전체 정부를 타인에게 양여하는 것이라(≪大朝鮮獨立協會會報≫7, 1897년 2월 28일,＜東方各國이 西國工藝를 倣効하는 總說이라＞).

　독립협회는 萬民共同會를 개최하여 “러시아의 군사교관과 재정고문을 즉시 돌려보내고 대한의 자주독립권을 지키자”⁰⁶⁵⁴⁾尹致昊,≪尹致昊日記≫ 5, 1897년 11월 11일.
柳永烈,≪開化期의 尹致昊硏究≫(한길사, 1985), 114∼115쪽.는 요지의 결의안을 채택하여 정부에 강력히 건의함으로써, 러시아의 군사적·재정적 간섭을 배제하였다.

　독립협회의 자주국권운동이 러시아에 치우쳤고 독립협회가 친일·친미적 경향과 반러적 경향을 보인 것은 독립협회의 제국주의 열강에 대한 인식이 편파적이었고 불철저했기 때문이라는 지적도 있다.⁰⁶⁵⁵⁾崔德壽,＜獨立協會의 政體論 및 外交論 硏究＞(≪民族文化硏究≫13, 고려대 민족문화연구소, 1978), 228쪽.

　그러나 당시 미국의 외교관과 선교사들은 독립협회운동에 호의적이었고 당시 한국의 자주권을 가장 위협한 나라는 러시아였으므로, 독립협회가 친미·반러적 성향을 띠었고, 그 자주국권운동의 제1 목표를 러시아에 둔 것은 너무도 당연한 것이었다. 그리고 당시 수구적 정치세력은 제국주의가 무엇인지조차 알지 못했으나 독립협회 지도자들은 제국주의의 본질과 속성을 충분히 이해하고 있었다.

　독립협회는 “독립이라 하는 것은 스스로 믿고 남에게 기대지 아니한다는 말이라”⁰⁶⁵⁶⁾≪독립신문≫, 1898년 7월 15일,＜독립하는 상책＞.고 정의하고, 외세 의존에 대하여 다음과 같이 경고하였다.

슬프다 대한 사람들은 남에게 의지하고 힘입으려는 마음을 끊을 진져. 청국 에 의지하지 말라, 종이나 사환에 지나지 못하리로다. 일본에 의지하지 말라, 내종에는 내장을 잃으리로다. 노국에 의지하지 말라, 필경에는 몸뚱이까지 삼킴을 받으리라. 영국과 미국에 의지하지 말라, 청국과 일국과 노국에 원수를 맺으리라. 이 모든 나라에 의지하고 힘입으려고는 아니할지언정 친밀치 아니치는 못하리라(≪독립신문≫, 1898년 1월 20일,＜유지각한 사람의 말＞).

　독립협회는 독립이란 스스로 믿고 남에게 의지하는 것이 아닐 뿐만 아니라, 국가란 국민의 집합체이므로 국가의 자주독립은 모든 국민의 자주독립하는 마음과 행동에 달렸다⁰⁶⁵⁷⁾위와 같음.고 하여 民力에 의한 자주독립론을 주장하였다.≪대조선독립협회회보≫를 보면, 국가의 자주는 국민의 자유와 단합에 의하여 가능하다는 논리를 펴고 있다. 나아가 독립협회는 민력의 양성을 위해서는 민권의 보장이 필요하며, 민권의 보장을 위해서는 국민의 참정이 필요하다고 주장하였다.⁰⁶⁵⁸⁾柳永烈,＜獨立協會의 民權思想硏究＞(≪史學硏究≫22, 1973), 41∼42쪽 및 59쪽.

나라라고 하는 것은 한 사람 한 사람의 集積이다. 곧 한 사람 한 사람이 모 두 自由權利를 가진 연후에 미루어 능히 그 나라의 자유를 보전할 수 있다. 그러므로 建國의 一方은 반드시 自主를 바랄진대 그 國人의 자주의 기운을 양성해야 하며, 그 기운을 양성하는 길은 인심의 和合과 衆力의 단결만 같은 것이 없다(≪大朝鮮獨立協會會報≫7, 1897년 2월 28일,＜獨立協會論＞) .

　이러한 관점에서 독립협회는 민권보장과 국민참정이 가능한 근대국민국가를 형성하여 국민이 국가와 일체감을 갖게 함으로써, 국민적 애국심에 기초한 관민의 합력으로 외세의 간섭을 막고 국가자주권을 지킬 수 있다는 관민합력에 의한 자주독립론을 폈다.⁰⁶⁵⁹⁾柳永烈, 위의 글, 57∼59쪽.
―――,＜獨立協會의 民權運動展開過程＞(≪史叢≫17·18 합집, 1973), 367∼368쪽. 이처럼 독립협회의 자주국권사상은 자유민권사상과 결합하여 민주주의를 내포한 근대 민족주의적 성격을 띠게 되는 것이다.