대한제국 수립 전후의 정치·사회적 불안은 황제가 군의 인사권과 군령권을 강력하게 장악할 수 없게 한 요인이 되었다. 그러나 경찰과 군사력의 동원에 의해 독립협회와 만민공동회를 해체시킴으로써 황실과 정부정책에 대한 견제세력을 제어하는데 성공한 이후부터 절대주의 국가에서 볼 수 있는 황제 중심의 강력한 군대육성의 움직임이 전면에 대두되었다. 그 일환으로 황실에서는 과거 군부대신이 가지고 있었던 권한을 대폭 축소시키면서 이들에게 일반 사무행정의 군정권만 주었고, 군령권은 황제에게 귀속시켜 황제의 칙령이나 조서를 통하지 않고서는 어느 누구도 명령을 발할 수 없게 하였다. 그것의 구체적인 표상은 1899년 6월 22일 원수부의 설치로 나타난다.

　이때 새로이 제정된＜원수부규칙＞에 의하면 궁성내 설치한 원수부는 국방과 용병·군사에 관한 명령을 전관하며, 군부와 중앙 및 지방의 각 부대를 지휘 감독할 수 있는 조항을 두어 황제가 강력한 권한을 소유할 수 있도록 하였다. 그리고 원수부의 관원은 모두 무관으로 선임토록 하고 문관은 원수부 구성원이 될 수 없다고 명문화하였다.＜규칙＞에 의하면 원수부는 국방 및 작전계획·군대편성·군대교육·부대검열·군인상벌·存案·회계 등에 걸치는 광범위한 기능을 가졌다. 산하 기구로는 군무국·검사국·회계국·기록국의 4국을 두고, 각 국장은 칙명을 받아 각부 대신에게 통보하고 중앙 및 지방 각 부대에 명령할 수 있는 권한을 가지게 되었으며 군부대신에게는 추후 알려주면 되도록 규정하였다.

　원수부의 핵심부서는 군무국과 검사국이다. 군무국의 주요 사무는 군사에 관한 조칙과 공문을 군부와 중앙 및 지방 각 부대에 발포하고 이들의 일기와 보고를 접수하여 개략을 抄錄하여 황제에게 올리는 사항 등이었다. 검사국에서는 매일 시위대에 속한 장교 중 1인을 위임하여 궁성호위병과 중앙 및 지방 각 부대를 시찰케 하고 심사보고서를 원수인 황태자를 경유한 후 대원수인 황제에게 보고하였다. 이후 원수부에서는 각 진위대를 시찰하여 영·위관의 근무태도, 병정수, 군물파손, 軍田 조사, 군민간 분쟁, 지출장부 조사 등을 행하였다.

　이와 같이 원수부의 권한과 기능이 강화된 반면 상대적으로 군부의 권한은 대폭 축소되었다.＜대한국국제＞선포 다음날인 1899년 8월 18일＜軍部官制＞를 개정하여 군부의 정리에 곧바로 착수하였다. 먼저 군부대신의 권한은 軍備를 관리하고 각 관해와 요새를 감독하는 것으로 한정하고, 대신 및 협판은 문관도 임명할 수 있게 하였다. 이는 협판 이하 군부 임원에게도 똑같이 적용되었다. 29일에는 詔書를 내려 대신관방에서는 군인의 봉급, 장교 병적과 문관 명부, 인사 및 문관 임명, 외국유학생 등과 관계된 사무만 볼 수 있도록 하였다. 이로써 황제의 군령발동과 주요 군사정책의 결정은 원수부의 보좌에 의해서만 이루어지게 되었고, 이후 군사정책과 집행은 군령기관인 원수부와 군정기관인 군부의 이원화 체제로 나가게 되었다.

　1900년 3월에 원수부관제가 다시 개정되면서 원수부의 기능은 더욱 강화되는 추세였다. 각 국장의 칭호가 총장으로 격상되었고, 이들 각 총장은 직접 의정대신에게 청의할 수 있었으며 勅旨를 받아 각부 대신에게 지령할 수 있었다. 이는 정부 부서의 기능보다 황제의 의지를 중시하는 것으로, 원수부는 각 부에 우선하는 것이므로 정부회의를 거칠 필요없이 독자적인 집행구조를 가질 수 있게 된 것이다. 또한 총장은 경무사나 관찰사·한성부재판소 및 각 재판소 판사 이하에게는 훈령이나 지령을 할 수 있게 되었다. 지방관에 대한 명령 지휘계통도 원수부→군부→관찰사→군수의 순서로 이루어지게 되었다.⁰⁹²⁾≪各司謄錄≫37, 평안도편 9,＜非章訓學存案＞2, 光武 5년 2월 24일, 357쪽.

　이어 9월 다시＜군부관제＞를 개정하여 군법국과 의무국을 폐지하고 포공국과 경리국만 남겼다. 대신관방의 임무도 축소시켜 단지 외국과 외국유학생에 관한 사항을 관장하는 것만 규정했다. 1899년 8월의＜군부관제＞에는 병적 및 인사임명권이 있었고 무관이 주로 관방장이 되었던 데 반해, 향후 문관으로만 임명할 수 있도록 하여 군부의 권한을 무력화시키고 원수부를 주축으로 군령을 대행케 하였다. 이제 군부는 군정사항만 관장하였다. 따라서 원수부의 총장을 겸직하지 않는 한 군부대신의 권리는 약해질 수밖에 없게 되었다.

　육군법원도 원수부에서 관할하였는데 검사국총장 예하의 육군법원장은 각 府部院의 長과 여단장 이상 및 사령관에게 조회하는 권한을 가졌고 각 관찰사와 재판소 판사 및 연대장 이하에게 훈령·지령을 내리도록 하였다.⁰⁹³⁾≪法令資料集≫Ⅲ, 光武 4년 9월 18일, 200∼201쪽. 육군법원은 황제의 특별지령에 의한 죄인은 물론 황제가 직접 임명한 칙임관까지도 체포하여 검사국총장에게 보고한 후 심판할 수 있는 권한도 있었다.

　이 시기 원수부의 특징적인 활동을 살펴보면 앞의＜표＞와 같다.